Є ще 221 сторінка.

Дивитися все сторінки або завантажити PDF файл.

Формула / Реферат

1. Спосіб виявлення рослини Zea mays, яка містить щонайменше один алель, асоційований з оптимізацією водоспоживання, що включає:

a) виділення ДНК із рослини Zea mays;

b) виявлення в виділеній ДНК послідовності, що являє собою гаплотип А, що містить нуклеотид G в позиції, яка відповідає позиції 115 послідовності SEQ ID NO: 1, нуклеотид А в позиції, яка відповідає позиції 270 послідовності SEQ ID NO: 1, нуклеотид Т в позиції, яка відповідає позиції 301 послідовності SEQ ID NO: 1, і нуклеотид А в позиції, яка відповідає позиції 483 послідовності SEQ ID NO: 1; і

c) виявлення рослини Zea mays, яка містить щонайменше один алель, асоційований з оптимізацією водоспоживання.

2. Спосіб за п. 1, де поліпшена оптимізація водоспоживання забезпечує збільшений або стабільний врожай в оточуючому середовищі, що піддається водному стресу, у порівнянні з контрольною рослиною.

3. Спосіб за п. 1, де рослина Zea mays є гібридною або інбредною рослиною.

4. Спосіб за п. 1, де поліпшена оптимізація водоспоживання забезпечує збільшену урожайність зерна при стандартному відсотку вологості (YGSMN), у порівнянні з контрольною рослиною.

5. Спосіб за п. 1, де виявлення в виділеній ДНК послідовності, що являє собою гаплотип А, що містить нуклеотид G в позиції, яка відповідає позиції 115 послідовності SEQ ID NO: 1, нуклеотид А в позиції, яка відповідає позиції 270 послідовності SEQ ID NO: 1, і нуклеотид А в позиції, яка відповідає позиції 483 послідовності SEQ ID NO: 1, досягають з застосуванням методики, вибраної із групи, яка складається із: аналізу поліморфізму довжини рестрикційних фрагментів, аналізу поліморфізму довжини ампліфікованих фрагментів, ампліфікації мікросателітів, визначення послідовності нуклеїнової кислоти або ампліфікації нуклеїнової кислоти.

6. Спосіб за п. 5, де ампліфікацію нуклеїнової кислоти здійснюють з застосуванням пар праймерів, що містять SEQ ID NO:118 або SEQ ID NO:119.

7. Спосіб за п. 1, який додатково включає стадію відбору зазначеної рослини Zea mays, якщо виявлено присутність вказаного гаплотипу A, асоційованого з підвищеною посухостійкістю.

Текст

Реферат: Запропонований винахід стосується способу виявлення рослини Zea mays, яка містить щонайменше один алель, асоційований з оптимізацією водоспоживання, відбору та/або отримання посухостійкої рослини або зародкової плазми кукурудзи. Описані генетичні маркери, UA 111937 C2 (12) UA 111937 C2 що асоціюються з посухостійкістю кукурудзи, а також описано рослини або зародкова плазма кукурудзи, які були виявлені, відібрані та/або отримані. UA 111937 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 Перехресні посилання на споріднені заявки Ця заявка претендує на пріоритет попередньої заявки на патент США № 61/289,718, поданої 23 грудня 2009 року, і попередньої заявки на патент США № 61/369,999, поданої 2 серпня 2010 року, описи яких є включеними сюди за посиланням у всій їх повноті. Галузь техніки Даний винахід стосується кукурудзи, такої як кукурудза виду Zea mays, і способів її вирощування. Більш конкретно, даний винахід стосується ліній кукурудзи, таких як лінії Zea mays, з одним чи більше генотипами з поліпшеною оптимізацією водоспоживання, а також способів вирощування таких ліній, при цьому в певних варіантах здійснення цього винаходу ці способи включають аналіз генетичних маркерів та/або аналіз послідовностей нуклеїнових кислот. Рівень техніки Посуха є одним з основних чинників, які обмежують виробництво кукурудзи у світі – 15% світового врожаю кукурудзи втрачаються щорічно через посуху. Періоди посухи можуть траплятись будь-коли впродовж вегетаційного періоду, але особливо чутливою до посухи кукурудза стає в період до і під час цвітіння. Коли посуха трапляється під час цього критичного періоду, вона може призвести до значної втрати врожаю зерна. Виявлення генів, які підвищують посухостійкість кукурудзи, може забезпечити більш ефективне культивування сільськогосподарських культур, уможливлюючи ідентифікацію, відбір і отримання кукурудзи з підвищеною посухостійкістю. Як відомо, метою культивування рослин є об’єднання в одній рослині різних бажаних ознак. Для польових культур, таких як кукурудза, ці ознаки можуть включати високу врожайність і кращі агрономічні властивості. Однак генетичні локуси, що впливають на врожайність і агрономічні властивості, не завжди є відомими, і навіть коли вони відомі, то їх внесок в такі ознаки часто залишається невизначеним. Отже, існує необхідність ідентифікації нових локусів, здатних позитивно впливати на бажані ознаки, та/або встановлення можливості бажаного впливу на відомі локуси. В разі виявлення такі локуси можуть бути відібрані в рамках програми культивування з метою отримання рослин, що несуть бажані ознаки. Один з варіантів здійснення способу генерації таких рослин включає перенесення інтрогресією послідовностей нуклеїнових кислот від рослин, які володіють бажаною генетичною інформацією, в рослини, які такою інформацією не володіють, здійснюючи схрещування цих рослин із застосуванням традиційних способів культивування. Бажані локуси можуть бути інтрогресовані в наявні сорти рослин з використанням маркерної селекції (MAS) чи культивуванням з використанням маркерів (МАВ). MAS і МАВ передбачають використання одного чи більше молекулярних маркерів для ідентифікації і відбору таких рослин-потомків, які містять один чи більше локусів, кодуючих бажані ознаки. Такі ідентифікація і відбір можуть базуватись на селекції інформативних маркерів, що асоціюються з бажаними ознаками. МАВ можна застосувати також для отримання майже ізогенних ліній (NIL), які несуть ті локуси, що становлять інтерес. Це дозволить більш докладно вивчити той вплив, який кожний локус може чинити на бажану ознаку, а також може бути ефективним способом отримання популяцій за допомогою зворотного схрещування інбредних ліній (BIL). Посуха під час вирощування кукурудзи є одним з основних чинників, що обмежують виробництво кукурудзи у світі. Коли посуха трапляється безпосередньо перед чи під час цвітіння, вона може призводити до збільшення тривалості інтервалу між цвітінням і викиданням маточкових стовпчиків і зниження врожайності зерна. 15% світового врожаю кукурудзи або понад 19 мільйонів тонн щорічно втрачаються через посуху. Виявлення генів-кандидатів, які можуть підвищити посухостійкість кукурудзи, може забезпечити більш ефективне сільськогосподарське виробництво в регіонах, що страждають від посухи. Що дійсно необхідно, так це нові способи та композиції для генетичного аналізу сортів Zea mays щодо посухостійкості і для застосування отриманої інформації при одержанні нових рослин Zea mays, які мають поліпшені ознаки оптимізації водоспоживання. Суть винаходу В цьому розділі, присвяченому викладенню суті винаходу, наведено кілька варіантів здійснення запропонованого винаходу і в багатьох випадках перелічено варіації і перестановки цих варіантів. Відповідно, цей розділ містить наведені в якості прикладів численні і різноманітні варіанти здійснення даного винаходу. Згадування однієї чи більше характерних ознак даного варіанту здійснення винаходу також має на меті слугувати в якості прикладу. Подібний варіант здійснення винаходу може звичайно існувати зі згаданою ознакою (ознаками) чи без неї, аналогічним чином ці ознаки можуть бути застосовані в інших варіантах здійснення даного винаходу незалежно від того, чи наведені вони в цьому розділі, присвяченому суті винаходу. 1 UA 111937 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 Щоб уникнути надмірного повторення, цей розділ не перелічує чи не пропонує всі можливі комбінації таких ознак. Даний винахід стосується композицій і способів ідентифікації, відбору і отримання кукурудзи з підвищеною посухостійкістю. Даний винахід стосується також посухостійкої рослини кукурудзи чи зародкової плазми. Певні варіанти здійснення винаходу стосуються способів ідентифікації посухостійкої рослини кукурудзи чи зародкової плазми. Такі способи можуть включати виявлення в рослині кукурудзи чи зародковій плазмі маркера, що асоціюється з підвищеною посухостійкістю. Певні варіанти здійснення винаходу стосуються способів отримання посухостійкої рослини кукурудзи. Такі способи можуть включати виявлення в зародковій плазмі кукурудзи присутності маркера, що асоціюється з підвищеною посухостійкістю, і отримання рослини-потомка зі згаданої зародкової плазми кукурудзи. В певних варіантах здійснення винаходу присутність маркера, що асоціюється з підвищеною посухостійкістю, виявляють за допомогою маркерного зонда. В певних таких варіантах здійснення винаходу присутність маркера, що асоціюється з підвищеною посухостійкістю, виявляють в продукті ампліфікації зі зразка нуклеїнової кислоти, виділеної з рослини кукурудзи чи зародкової плазми. В певних варіантах здійснення винаходу маркер містить гаплотип, і для виявлення алелів, які складають цей гаплотип, використовують велику кількість зондів. В певних таких варіантах здійснення винаходу алелі, що складають гаплотип, виявляють у великій кількості продуктів ампліфікації зі зразка нуклеїнової кислоти, виділеної з рослини кукурудзи чи зародкової плазми. Певні варіанти здійснення винаходу стосуються способів відбору посухостійкої рослини кукурудзи чи зародкової плазми. Такі способи можуть включати схрещування першої рослини кукурудзи чи зародкової плазми з другою рослиною кукурудзи чи зародковою плазмою, причому перша рослина кукурудзи чи зародкова плазма містить маркер, що асоціюється з підвищеною посухостійкістю, і відбір рослини-потомка чи зародкової плазми, яка володіє даним маркером. Певні варіанти здійснення винаходу стосуються способів інтрогресії алеля, що асоціюється з підвищеною посухостійкістю, в рослину чи зародкову плазму кукурудзи. Такі способи можуть включати схрещування першої рослини чи зародкової плазми кукурудзи, яка містить алель, що асоціюється з підвищеною посухостійкістю, з другою рослиною чи зародковою плазмою кукурудзи, яка позбавлена згаданого алеля, і повторне зворотне схрещування рослин-потомків, що містять згаданий алель, з другою рослиною чи зародковою плазмою кукурудзи для отримання стійкої до посухи рослини чи зародкової плазми кукурудзи, які містять алель, що асоціюється з підвищеною посухостійкістю. Потомство, яке містить алель, що асоціюється з підвищеною посухостійкістю, можна ідентифікувати шляхом ідентифікації в їх геномах присутності маркера, що асоціюється зі згаданим алелем. Даний винахід стосується також рослин та/або зародкової плазми кукурудзи, ідентифікованих, отриманих чи відібраних будь-яким способом за цим винаходом, а також будьякого потомства чи насіння, отриманих з рослини чи зародкової плазми кукурудзи, ідентифікованих, отриманих чи відібраних за допомогою даних способів. Даний винахід стосується також рослин та/або зародкової плазми кукурудзи, які не зустрічаються у природі, що містять один чи більше маркер, що асоціюється з підвищеною посухостійкістю. Даний винахід стосується також виділених та/або очищених маркерів, що асоціюються з підвищеною посухостійкістю. Такі маркери можуть містити нуклеотидну послідовність, яка щонайменше на 85%, 90%, 95% чи на 99% ідентична будь-якій з послідовностей SEQ ID №№: 1117, 400 і 401, їх зворотній комплементарній послідовності чи їх інформативним чи функціональним фрагментам. Даний винахід стосується також композицій, що містять пару праймерів, здатних ампліфікувати зразок нуклеїнової кислоти, виділений з рослини чи зародкової плазми кукурудзи, для створення маркера, що асоціюється з підвищеною посухостійкістю. Такі композиції можуть містити, складатись по суті з чи складатись з однієї з пар праймерів ампліфікації, наведених в Таблиці 1. 2 UA 111937 C2 Таблиця 1 SEQ ID № прикладів олігонуклеотидних праймерів, які можуть бути застосовані для аналізу локусів, алелів і гаплотипів оптимізації водоспоживання Геномний локус 1, 61 2, 63 Приклади праймерів ампліфікації 118, 119 120, 121 3, 63 4, 64 5, 65 6, 66 7, 67 122, 123 124, 125 126, 127 128, 129 130, 131 8, 68 9, 69 10, 70 11, 71 12, 13, 72 132, 133 134, 135 136, 137 138, 139 140, 141 14, 73 15, 74 16, 75 17, 76 18, 77 19, 78 142, 143 144, 145 146, 147 148, 149 150, 151 152, 153 20, 79 21, 80 22, 81 23, 82 154, 155 156, 157 158, 159 160, 161 24, 83 25, 84 162, 163 164, 165 26, 85 27, 86 166, 167 168, 169 28, 87 29, 88 30, 89 170, 171 172, 173 174, 175 31, 90 32, 91 33, 92 176, 177 178, 179 180, 181 3 Приклади праймерів аналізу 232, 233 346, 347; 348, 349 234, 235 236, 237 238, 239 240, 241 242, 243; 244, 245; 246, 247; 248, 249; 250, 251; 350, 351; 352, 353; 252, 253 254, 255 256, 257 258, 259 260, 261; 262, 263; 264, 265; 266, 267 268, 269 270, 271 272, 273 274, 275 276, 277 278, 279; 280, 281; 282, 283; 354, 355; 356, 357 284, 285 286, 287 288, 289 358, 359; 360, 361 362, 363 290, 291; 364, 365 366, 367 292, 293 368, 369 294, 295 370, 371 296, 297; 298, 299 300, 301 302, 303 372, 373 UA 111937 C2 Продовження таблиці 1 34, 93 35, 94 36, 95 37, 96 198, 199 200, 201 202, 203 46, 104 47, 105 48, 106 49, 107 50, 51, 108 204, 205 206, 207 208, 209 210, 211 212, 213 52, 109 53, 110 54, 111 55, 112 56, 113 214, 215 216, 217 218, 219 220, 221 222, 223 57, 114 58, 115 59, 116 60, 117 400, 401 20 192, 193 194, 195 196, 197 42, 101 43, 102 44, 45, 103 15 190, 191 39, 98 40, 99 41, 100 10 184, 185 186, 187 188, 189 38, 97 5 182, 183 224, 225 226, 227 228, 229 230, 231 402, 407 304, 305; 306, 307; 308, 309 310, 311 312, 313 314, 315; 316, 317 318, 319; 320, 321 322, 323 324, 325 326, 327; 328, 329 330, 331 332, 333 374, 375; 376, 377 378, 379 380, 381 382, 383 334, 335 336, 337; 384, 385 338, 339 340, 341 344, 345 386, 387 388, 389; 390, 391 392, 393 394, 395 396, 397 398, 399 408, 409; 410, 411; 412, 413 Маркер, що асоціюється з підвищеною посухостійкістю, може містити, складатись по суті з чи складатись з одного алеля чи комбінації алелів в одному чи більше генетичних локусів. Відповідно, певні варіанти здійснення даного винаходу стосуються способів отримання гібридних рослин з поліпшеною оптимізацією водоспоживання. В певних варіантах здійснення винаходу такий спосіб включає: (а) надання першої рослини, що містить перший генотип, який має будь-який з гаплотипів А-М, (b) надання другої рослини, що містить другий генотип, який має будь-який з гаплотипів А-М, причому друга рослина містить щонайменше один з гаплотипів А-М, який відсутній в першій рослині, (с) схрещування першої рослини і другої рослини кукурудзи для отримання покоління F1, ідентифікацію одного чи більше представників покоління F1, який містить бажаний генотип, що має будь-яку комбінацію гаплотипів А-М, причому бажаний генотип відрізняється як від першого генотипу (а), так і від другого генотипу (b), внаслідок чого отримується гібридна рослина з поліпшеною оптимізацією водоспоживання. В певних варіантах здійснення винаходу гаплотипи А-М визначаються наступним чином: i. гаплотип А містить нуклеотид G в позиції, яка відповідає позиції 115 послідовності SEQ ID №: 1, нуклеотид А в позиції, яка відповідає позиції 270 SEQ ID №: 1, нуклеотид Т в позиції, яка відповідає позиції 301 SEQ ID №: 1, і нуклеотид А в позиції, яка відповідає позиції 483 SEQ ID №: 1 на хромосомі 8 в геномі першої рослини; ii. гаплотип B містить делецію в позиціях 4497-4498 послідовності SEQ ID №: 7, нуклеотид G в позиції, яка відповідає позиції 4505 послідовності SEQ ID №: 7, нуклеотид Т в позиції, яка відповідає позиції 4609 послідовності SEQ ID №: 7, нуклеотид А в позиції, яка відповідає позиції 4 UA 111937 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 4641 послідовності SEQ ID №: 7, нуклеотид Т в позиції, яка відповідає позиції 4792 послідовності SEQ ID №: 7, нуклеотид Т в позиції, яка відповідає позиції 4836 послідовності SEQ ID №: 7, нуклеотид С в позиції, яка відповідає позиції 4844 послідовності SEQ ID №: 7, нуклеотид G в позиції, яка відповідає позиції 4969 послідовності SEQ ID №: 7, і тринуклеотид TCC в позиції, яка відповідає позиціям 4979-4981 послідовності SEQ ID №: 7 на хромосомі 8 в геномі першої рослини; iii. гаплотип C містить нуклеотид А в позиції, яка відповідає позиції 217 послідовності SEQ ID №: 8, нуклеотид G в позиції, яка відповідає позиції 390 послідовності SEQ ID №: 8, і нуклеотид А в позиції, яка відповідає позиції 477 послідовності SEQ ID №: 8 на хромосомі 2 в геномі першої рослини; iv. гаплотип D містить нуклеотид G в позиції, яка відповідає позиції 182 послідовності SEQ ID №: 19, нуклеотид А в позиції, яка відповідає позиції 309 послідовності SEQ ID №: 19, нуклеотид G в позиції, яка відповідає позиції 330 послідовності SEQ ID №: 19 і нуклеотид G в позиції, яка відповідає позиції 463 послідовності SEQ ID №: 19 на хромосомі 8 в геномі першої рослини; v. гаплотип E містить нуклеотид С в позиції, яка відповідає позиції 61 послідовності SEQ ID №: 21, нуклеотид С в позиції, яка відповідає позиції 200 послідовності SEQ ID №: 21, і делецію дев’яти нуклеотидів в позиціях, які відповідають позиціям 316-324 послідовності SEQ ID №: 21 на хромосомі 5 в геномі першої рослини; vi. гаплотип F містить нуклеотид G в позиції, яка відповідає позиції 64 послідовності SEQ ID №: 27 и нуклеотид Т в позиції, яка відповідає позиції 254 послідовності SEQ ID №: 27 на хромосомі 8 в геномі першої рослини; vii. гаплотип G містить нуклеотид С в позиції, яка відповідає позиції 98 послідовності SEQ ID №: 28, нуклеотид Т в позиції, яка відповідає позиції 147 послідовності SEQ ID №: 28, нуклеотид С позиції, яка відповідає позиції 224 послідовності SEQ ID №: 28 і нуклеотид Т в позиції, яка відповідає позиції 496 послідовності SEQ ID №: 28 на хромосомі 9 в геномі першої рослини; viii. гаплотип H містить нуклеотид Т в позиції, яка відповідає позиції 259 послідовності SEQ ID №: 30, нуклеотид Т в позиції, яка відповідає позиції 306 послідовності SEQ ID №: 30, нуклеотид А в позиції, яка відповідає позиції 398 послідовності SEQ ID №: 30 і нуклеотид С в позиції, яка відповідає позиції 1057 послідовності SEQ ID №: 30 на хромосомі 4 в геномі першої рослини; ix. гаплотип I містить нуклеотид С в позиції, яка відповідає позиції 500 послідовності SEQ ID №: 36, нуклеотид G в позиції, яка відповідає позиції 568 послідовності SEQ ID №: 36 и нуклеотид Т в позиції, яка відповідає позиції 698 послідовності SEQ ID №: 36 на хромосомі 6 в геномі першої рослини; х. гаплотип J містить нуклеотид А в позиції, яка відповідає позиції 238 послідовності SEQ ID №: 42, делецію нуклеотидів, які відповідають позиціям 266-268 послідовності SEQ ID №: 42 и нуклеотид С в позиції, яка відповідає позиції 808 послідовності SEQ ID №: 42 в геномі першої рослини; xi. гаплотип K містить нуклеотид С в позиції, яка відповідає позиції 166 послідовності SEQ ID №: 49 и нуклеотид А в позиції, яка відповідає позиції 224 послідовності SEQ ID №: 49, нуклеотид G в позиції, яка відповідає позиції 650 послідовності SEQ ID №: 49 и нуклеотид G в позиції, яка відповідає позиції 892 послідовності SEQ ID №: 49 на хромосомі 8 в геномі першої рослини; xii. гаплотип L містить нуклеотид С в позиціях, які відповідають позиціям 83, 428, 491 и 548 послідовності SEQ ID №: 53 на хромосомі 9 в геномі першої рослини, а також xiii. гаплотип M містить нуклеотид С в позиції, яка відповідає позиції 83 в послідовності SEQ ID №: 400, нуклеотид А в позиції, яка відповідає позиції 119 послідовності SEQ ID №: 400 и нуклеотид Т в позиції, яка відповідає позиції 601 послідовності SEQ ID №: 400. В певних варіантах здійснення цього винаходу гібридна рослина з поліпшеною оптимізацією водоспоживання містить кожний з гаплотипів А-М, які присутні в першій рослині, а також щонайменше один додатковий гаплотип, вибраний з гаплотипів А-М, які присутні в другій рослині. В певних варіантах здійснення цього винаходу перша рослина є рекурентним батьком, який містить щонайменше один з гаплотипів А-М, а друга рослина є донором, який містить щонайменше один з гаплотипів А-М, відсутній в першій рослині. В певних варіантах здійснення цього винаходу перша рослина є гомозиготною щонайменше по двох, трьох, чотирьох чи п’яти гаплотипах А-М. В певних варіантах здійснення цього винаходу гібридна рослина містить щонайменше три, чотири, п’ять, шість, сім, вісім чи дев’ять гаплотипів А-М. В певних варіантах здійснення цього винаходу виявлення передбачає генотипування одного чи більше представників покоління F1, отриманого схрещуванням першої рослини і другої рослини, по відношенню до кожного з гаплотипів, присутніх в першій рослині чи в другій рослині. 5 UA 111937 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 В певних варіантах здійснення цього винаходу перша рослина і друга рослина являють собою рослини Zea mays. В певних варіантах здійснення цього винаходу поліпшена оптимізація водоспоживання забезпечує підвищений чи стабільний врожай в середовищі з нестачею води, у порівнянні з контрольними рослинами. В певних варіантах здійснення цього винаходу гібрид з поліпшеною оптимізацією водоспоживання може висіватись з більшою щільністю. В певних варіантах здійснення цього винаходу гібрид з поліпшеною оптимізацією водоспоживання не демонструє обумовленого зчепленням генів падіння врожаю при вирощуванні в умовах сприятливої вологості. В певних варіантах здійснення цей винахід стосується також гібридних рослин Zea mays, отриманих описаними тут способами, або їх клітин, тканин, насіння чи частин. В певних варіантах здійснення цей винахід стосується також інбредних рослин Zea mays, отриманих зворотним схрещуванням та/або самозапиленням та/або продукуванням подвійних гаплоїдів з гібридних рослин Zea mays, описаних тут, або їх клітин, тканин, насіння чи частин. В певних варіантах здійснення цей винахід стосується також інбредних чи гібридних рослин Zea mays, геном яких містить щонайменше три, чотири, п’ять, шість, сім, вісім чи дев’ять гаплотипів A-M, причому гаплотипи A-M є зв’язаними з оптимізацією водоспоживання і визначеними в даному документі. В певних варіантах здійснення цього винаходу інбредна чи гібридна рослина Zea mays має геном, який містить гаплотипи C, D і G; гаплотипи C, D і L; гаплотипи C, G, Н; гаплотипи C, G і I; гаплотипи C, I і L; гаплотипи E, G і I; гаплотипи F, G і H; гаплотипи А, C, F і G; гаплотипи C, E, H і I; гаплотипи C, G, H, і I; гаплотипи C, H, I і K; гаплотипи C, H, I і L; гаплотипи E, F, G і H; гаплотипи A, C, G, H і I; гаплотипи B, C, D, G і L; гаплотипи C, E, G, H і I; гаплотипи C, G, H, I і L; гаплотипи А, C, G, H, I і K; гаплотипи C, E, F, G, H, I, J, K і L; гаплотипи C, D, G і M; гаплотипи C, D, L і M; гаплотипи C, G, H і M; гаплотипи C, G, I і M; гаплотипи C, I, L і М; гаплотипи E, G, I і M; гаплотипи F, G, H і M; гаплотипи A, C, F, G і M; гаплотипи С, Е, H, I і M; гаплотипи C, G, H, I і M; гаплотипи C, H, I, К і M; гаплотипи C, H, I, L і M; гаплотипи E, F, G, Н і М; гаплотипи A, C, G, H, I і M; гаплотипи B, C, D, G, L і M; гаплотипи C, E, G, H, I і M; гаплотипи C, G, H, I, L і M; гаплотипи A, C, G, H, I, K і M и гаплотипи C, E, F, G, H, I, J, K, L і M. В певних варіантах здійснення цього винаходу інбредна чи гібридна рослина Zea mays являє собою гібридну рослину, що є гомозиготною щонайменше по одному з гаплотипів A-M. В певних варіантах здійснення цього винаходу інбредна чи гібридна рослина Zea mays має геном, який містить гаплотипи А, C, E, G, H і I, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи B, C, D, E, F, G, H, I і L, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи C, D, E, F, G, H і L, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи B, C, D, G, I і L, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи B, C, D, E, G, H, I і L, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи C, D, E, F, G, H, I, J, K і L, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи A, C, G, H і I, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи C, E, F, G, H і I, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи C, E, F, G, H, I і L, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи C, D, E, F, G і H, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи D, E, F, G і H, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи A, C, G, H і I, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи A, C, E, G, H, I і K, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи C, E, G, H, I і L, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи C, D, E, G, H, I і L, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи B, C, D, E, G, H, I і L, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи A, C, G, H і I, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи А, C, G, H, I і K, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи C, G, H, I і L, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи C, D, G, H, I і L, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи B, C, D, G, H, I і L, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи A, C, E, F, G, H і I, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи А, C, E, F, G, H, I і K, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи C, E, F, G, H, I і L, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи C, D, E, F, G, H, I і L, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи А, C, E, F, G, H, I, J, K і L, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи A, C, E, F, G, H, I, J, K і L, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи C, E, F, G, H, I, J, K і L, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи C, D, E, F, G, H, I, J, K і L, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи B, C, D, E, F, G, H, I, J, K і L, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи A, C, E, F, G, H і I, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи, C, E, F, G, H, I і K, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи C, E, F, G, H, I і L, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи B, C, D, E, F, G, H і L, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи C, E, 6 UA 111937 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 F, G, H, I, J, K і L, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи C, D, G, H і L, факультативно додатково містить гаплотип M; гаплотипи C, E, F, G, H, I і L, факультативно додатково містить гаплотип M; та/або гаплотипи B, C, D, E, G, I і L, факультативно додатково містить гаплотип М. В певних варіантах здійснення цей винахід стосується також гібридних чи інбредних рослин Zea mays, які були модифіковані, щоб ввести в них трансген. В певних варіантах здійснення трансген кодує продукт гену, який забезпечує стійкість до гербіциду, вибраному з гліфосату, сульфонілсечовини, імідазолініну, дікамби, глюфосинату, феноксипропіонової кислоти, циклошексому, триазину, бензонітрилу і броксинілу. В певних варіантах здійснення цей винахід стосується також способів ідентифікації рослин Zea mays, які містять щонайменше один алель, асоційований з оптимізацією водоспоживання, як тут описано. В певних варіантах здійснення такі способи включають: (а) генотипування щонайменше однієї рослини Zea mays щонайменше одним нуклеїново-кислотним маркером, вибраним з послідовностей SEQ ID №: 1-60 і 400 і (b) відбір щонайменше однієї рослини Zea mays, яка містить алель щонайменше одного з щонайменше одного нуклеїново-кислотних маркерів, зв’язаний з оптимізацією водоспоживання. В певних варіантах здійснення цей винахід стосується також рослин Zea mays, отриманих інтрогресією локусу алеля, що становить інтерес, асоційованого з ознакою оптимізації водоспоживання, в зародкову плазму Zea mays. В певних варіантах здійснення інтрогресія включає (а) відбір рослини Zea mays, яка містить алель локусу, асоційованого з ознакою оптимізації водоспоживання, причому локус, асоційований з ознакою оптимізації водоспоживання, містить послідовність нуклеотидів, яка щонайменше на 90% ідентична будьякій з послідовностей SEQ ID №№: 1-117, 400 і 401, і (b) інтрогресію алеля, що становить інтерес, в зародкову плазму Zea mays, позбавлену даного алеля. В певних варіантах здійснення цей винахід стосується також способів виявлення та/або відбору посухостійкої рослини чи зародкової плазми кукурудзи. В певних варіантах здійснення такі способи включають виявлення в рослині чи зародковій плазмі кукурудзи присутності маркера, асоційованого з підвищеною посухостійкістю, причому маркер вибирається з групи, яка складається з: нуклеотиду G в позиції, яка відповідає позиції 100 послідовності SEQ ID №: 2, тринуклеотиду ТСС в позиції, яка відповідає позиціям 4979-4981 послідовності SEQ ID №: 7, нуклеотиду G в позиції, яка відповідає позиції 116 послідовності SEQ ID №: 23, нуклеотиду А в позиції, яка відповідає позиції 391 послідовності SEQ ID №: 33, нуклеотиду А в позиції, яка відповідає позиції 472 послідовності SEQ ID №: 48, нуклеотиду А в позиції, яка відповідає позиції 237 послідовності SEQ ID №: 56, нуклеотиду Т в позиції, яка відповідає позиції 173 послідовності SEQ ID №: 57, і нуклеотиду G в позиції, яка відповідає позиції 267 послідовності SEQ ID №: 60; тринуклеотиду ТСС в позиції, яка відповідає позиціям 4979-4981 послідовності SEQ ID №: 7, нуклеотиду А в позиції, яка відповідає позиції 309 послідовності SEQ ID №: 19, нуклеотиду G в позиції, яка відповідає позиції 562 послідовності SEQ ID №: 25, нуклеотиду С в позиції, яка відповідає позиції 1271 послідовності SEQ ID №: 26, нуклеотиду А в позиції, яка відповідає позиції 266 послідовності SEQ ID №: 44, нуклеотиду С в позиції, яка відповідає позиції 386 послідовності SEQ ID №: 46, нуклеотиду А в позиції, яка відповідає позиції 472 послідовності SEQ ID №: 48, і нуклеотиду G в позиції, яка відповідає позиції 111 послідовності SEQ ID №: 51; нуклеотиду G в позиції, яка відповідає позиції 100, нуклеотиду А в позиції, яка відповідає позиції 4641 послідовності SEQ ID №: 7, нуклеотиду А в позиції, яка відповідає позиції 217 послідовності SEQ ID №: 23, нуклеотиду С в позиції, яка відповідає позиції 746 послідовності SEQ ID №: 24, нуклеотиду С в позиції, яка відповідає позиції 258 послідовності SEQ ID №: 29, нуклеотиду А в позиції, яка відповідає позиції 266 послідовності SEQ ID №: 44, нуклеотиду G в позиції, яка відповідає позиції 472 послідовності SEQ ID №: 48, нуклеотиду G в позиції, яка відповідає позиції 193 послідовності SEQ ID №: 55, і нуклеотиду С в позиції, яка відповідає позиції 486 послідовності SEQ ID №: 58; делеції нуклеотиду в позиції, яка відповідає позиціям 264-271 послідовності SEQ ID №: 2, нуклеотиду А в позиції, яка відповідає позиції 4641 послідовності SEQ ID №: 7, нуклеотиду А в позиції, яка відповідає позиції 309 послідовності SEQ ID №: 19, нуклеотиду А в позиції, яка відповідає позиції 391 послідовності SEQ ID №: 33, нуклеотиду G в позиції, яка відповідає позиції 237 послідовності SEQ ID №: 56, и нуклеотиду С в позиції, яка відповідає позиції 486 послідовності SEQ ID №: 58; тринуклеотиду ТСС в позиції, яка відповідає позиціям 4979-4981 послідовності SEQ ID №: 7, нуклеотиду G в позиції, яка відповідає позиції 463 послідовності SEQ ID NO: 19, нуклеотиду С в позиції, яка відповідає позиції 254 послідовності SEQ ID №: 27, нуклеотиду А в позиції, яка 7 UA 111937 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 відповідає позиції 391 послідовності SEQ ID №: 33, нуклеотиду Т в позиції, яка відповідає позиції 475 послідовності SEQ ID №: 45, нуклеотиду G в позиції, яка відповідає позиції 193 послідовності SEQ ID №: 55, нуклеотиду С в позиції, яка відповідає позиції 516 послідовності SEQ ID №: 56, нуклеотиду G в позиції, яка відповідає позиції 729 послідовності SEQ ID №: 59, і нуклеотиду G в позиції, яка відповідає позиції 267 послідовності SEQ ID №: 60; нуклеотиду А в позиції, яка відповідає позиції 4641 послідовності SEQ ID №: 7, нуклеотиду G в позиції, яка відповідає позиції 463 послідовності SEQ ID №: 19, нуклеотиду С в позиції, яка відповідає позиції 258 послідовності SEQ ID №: 29, нуклеотиду G в позиції, яка відповідає позиції 193 послідовності SEQ ID №: 55, і нуклеотиду G в позиції, яка відповідає позиції 237 послідовності SEQ ID №: 56; тринуклеотиду ТСС в позиції, яка відповідає позиціям 4979-4981 послідовності SEQ ID №: 7, нуклеотиду А в позиції, яка відповідає позиції 472 послідовності SEQ ID №: 48, нуклеотиду А в позиції, яка відповідає позиції 237 послідовності SEQ ID №: 56, і нуклеотиду Т в позиції, яка відповідає позиції 173 послідовності SEQ ID №: 57; тринуклеотиду ТСС в позиції, яка відповідає позиціям 4979-4981 послідовності SEQ ID №: 7, нуклеотиду С в позиції, яка відповідає позиції 1271 послідовності SEQ ID №: 26, нуклеотиду А в позиції, яка відповідає позиції 266 послідовності SEQ ID №: 44, нуклеотиду С в позиції, яка відповідає позиції 386 послідовності SEQ ID №: 46, нуклеотиду А в позиції, яка відповідає позиції 472 послідовності SEQ ID №: 48, і нуклеотиду G позиції, яка відповідає позиції 111 послідовності SEQ ID №: 51; нуклеотиду А в позиції, яка відповідає позиції 4641 послідовності SEQ ID №: 7, нуклеотиду С в позиції, яка відповідає позиції 258 послідовності SEQ ID №: 29, нуклеотиду G в позиції, яка відповідає позиції 87 послідовності SEQ ID №: 47, нуклеотиду G в позиції, яка відповідає позиції 472 послідовності SEQ ID №: 48, і нуклеотиду G в позиції, яка відповідає позиції 193 послідовності SEQ ID №: 55; нуклеотиду А в позиції, яка відповідає позиції 4641 послідовності SEQ ID №: 7, нуклеотиду А в позиції, яка відповідає позиції 309 послідовності SEQ ID №: 19, і нуклеотиду G в позиції, яка відповідає позиції 237 послідовності SEQ ID №: 56; тринуклеотиду ТСС в позиції, яка відповідає позиціям 4979-4981 послідовності SEQ ID №: 7, нуклеотиду G в позиції, яка відповідає позиції 463 послідовності SEQ ID №: 19, нуклеотиду Т в позиції, яка відповідає позиції 475 послідовності SEQ ID №: 45, і нуклеотида G в позиції, яка відповідає позиції 193 послідовності SEQ ID №: 55; тринуклеотиду ТСС в позиції, яка відповідає позиціям 4979-4981 послідовності SEQ ID №: 7; нуклеотиду А в позиції, яка відповідає позиції 4641 послідовності SEQ ID №: 7; тринуклеотиду ТСС в позиції, яка відповідає позиціям 4979-4981 послідовності SEQ ID №: 7, і нуклеотиду С в позиції, яка відповідає позиції 386 послідовності SEQ ID №: 46; нуклеотиду А в позиції, яка відповідає позиції 4641 послідовності SEQ ID №: 7, і нуклеотиду G в позиції, яка відповідає позиції 472 послідовності SEQ ID №: 48, та їх комбінацій, у такий спосіб виявляючи та/або відбираючи посухостійку рослину чи зародкову плазму кукурудзи. Таким чином, задача розкритого в даному документі об’єкта винаходу стосується способів перенесення однієї чи більше ознак оптимізації водоспоживання в зародкову плазму кукурудзи. Вищенаведена задача розкритого в даному документі об’єкта винаходу в цілому чи частково досягається розкритим в даному документі об’єктом винаходу; інші цілі стануть очевидними по мері подальшого опису, як краще за все описано далі. Короткий опис малюнків На Фіг. 1 графічно представлені алелі, присутні в кількох локусах певних сортів кукурудзи, застосованих в протоколах розведення, описаних в даному документі. На Фіг. 2 графічно представлені гаплотипи гомозиготних ліній рослин, отриманих від схрещування NP2391 і CML333 («гомозиготна CML333-» і «гомозиготна CML333+»), і гібридних ліній F1, отриманих від схрещування кожної з вищезгаданих гомозиготних ліній NP2460 («CML333-» і «CML333+»). Малими літерами позначені алелі, успадковані від донорської лінії CML322. Великими літерами позначені алелі, успадковані від NP2391 чи NP2460. На Фіг. 3 графічно представлені гаплотипи гомозиготних ліній рослин, отриманих від схрещування NP2391 і CML322 («гомозиготна CML322-» і «гомозиготна CML322+»), і гібридних ліній F1, отриманих від схрещування кожної з вищезгаданих гомозиготних ліній NP2460 («CML322-» і «CML322+»). Малими літерами позначені алелі, успадковані від донорської лінії CML322. Великими літерами позначені алелі, успадковані від NP2391 чи NP2460. На Фіг. 4 графічно представлені гаплотипи гомозиготних ліній рослин, отриманих від схрещування NP2391 і Cateto SP VII («гомозиготна Cateto–» і «гомозиготна Cateto +») і 8 UA 111937 C2 5 10 15 гібридних ліній F1, отриманих від схрещування кожної з вищезгаданих гомозиготних ліній NP2460 («Cateto-» і «Cateto+»). Малими літерами позначені алелі, успадковані від донорської лінії Cateto SP VII. Великими літерами позначені алелі, успадковані від NP2391 чи NP2460. На Фіг. 5 графічно представлені гаплотипи гомозиготних ліній рослин, отриманих від схрещування NP2391 і Confite Mилиocho AYA 38 («гомозиготна Confite-» і «гомозиготна Confite+»), і гібридних ліній F1, отриманих від схрещування кожної з вищезгаданих гомозиготних ліній NP2460 («Confite-» і «Confite+»). Малими літерами позначені алелі, успадковані від донорської лінії Confite Mилиocho AYA 38. Великими літерами позначені алелі, успадковані від NP2391 чи NP2460. На Фіг. 6 графічно представлені гаплотипи гомозиготних ліній рослин, отриманих від схрещування NP2391 і Tuxpeno VEN 692 («гомозиготна Tuxpeno-» і «гомозиготна Tuxpeno+») і гібридних ліній F1, отриманих від схрещування кожної з вищезгаданих гомозиготних ліній NP2460 («Tuxpeno-» і «Tuxpeno+»). Малими літерами позначені алелі, успадковані від донорської лінії Tuxpeno VEN 692. Великими літерами позначені алелі, успадковані від NP2391 чи NP2460. Для кожної з Фіг. 1-6 алелі являють собою наступне: Алель 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 20 Позиція нуклеотиду і SEQ ID №: позиція 87 SEQ ID №: 47 позиція 386 SEQ ID №: 46 позиції 4979-4981 SEQ ID №: 7 позиція 4641 SEQ ID №: 7 позиція 472 SEQ ID №: 48 позиція 237 SEQ ID №: 56 позиція 516 SEQ ID №: 56 позиція 266 SEQ ID №: 44 позиція 475 SEQ ID №: 45 позиція 173 SEQ ID №: 57 позиція 746 SEQ ID №: 24 позиція 391 SEQ ID №: 33 позиція 258 SEQ ID №: 29 позиція 217 SEQ ID №: 23 позиція 116 SEQ ID №: 23 позиція 463 SEQ ID №: 19 позиція 309 SEQ ID №: 19 позиції 264-271 SEQ ID №: 2 позиція 100 SEQ ID №: 2 позиція 486 SEQ ID №: 58 позиція 111 SEQ ID №: 51 позиція 254 SEQ ID №: 27 позиція 729 SEQ ID №: 59 позиція 267 SEQ ID №: 60 позиція 562 SEQ ID №: 25 позиція 1271 SEQ ID №: 26 позиція 193 SEQ ID №: 55 Короткий опис переліку послідовностей Даний опис містить велику кількість нуклеотидних та/або амінокислотних послідовностей. Протягом всього опису і супроводжуючого переліку послідовностей для ідентифікації нуклеотидів застосовується стандарт ВОІВ ST.25 (1998, в подальшому «Стандарт ST.25»). Даний стандарт ідентифікації нуклеотидів наведено далі: 9 UA 111937 C2 Таблиця 2 Назва нуклеотидів за стандартом ВОІВ ST.25 Символ s g або c g w a або t/u t b g або c або t/u u d a або g або t/u g або a h a або c або t/u v t/u або c v a або g або c m 35 c r 30 g або t/u u 25 k t 20 a g 15 Значення c 10 Символ a 5 Значення a або c n a або g або c або t/u, невідоме, інше або відсутнє В певних випадках супроводжуючий перелік послідовностей включає одне чи більше конкретно вказаних визначень для деяких нуклеотидних позицій, як викладено в рядках від до відповідних записів переліку послідовностей. Наприклад, якщо у відповідності до стандарту ST.25 нуклеотид «n» звичайно замінюють будь-якою літерою з a, c, g чи t, то в послідовності SEQ ID №: 2 відмічається, що послідовність «nnnnnnnn» в нуклеотидних позиціях 264-271 визначається так, щоб показувати присутність чи відсутність послідовності нуклеотидів «CACCAAGG». Аналогічно, в послідовності SEQ ID №: 5 відмічається, що послідовність «nnnn» в нуклеотидних позиціях 818-821 визначається так, щоб показувати присутність чи відсутність послідовності нуклеотидів «CGCG». Отже, в той час, як у всьому цьому описі необхідно дотримуватись стандарту ST.25, Заяви s і переліку послідовностей, певні послідовності, наведені тут, являють собою конкретні відхилення від стандарту ST.25 і мають відповідне позначення. Додатково, незалежно від того, дістало це конкретне позначення чи ні, для кожного читання «n» в переліку послідовностей слід розуміти, що будь-який окремий «n» (включно всі чи певні n в послідовності послідовних n) може являти собою a, c, g, t/u, невідомий чи інший нуклеотид або його відсутність. Таким чином, коли в переліку послідовностей конкретно не визначене протилежне, то в певних варіантах здійснення цього винаходу «n» може не являти собою нуклеотид. Наприклад, послідовність SEQ ID №: 7 містить ряд з 52-х n між нуклеотидами 4549 і 4600, включно. Зрозуміло, що один чи більше даних n можуть бути відсутніми, включаючи, але не обмежуючись ними, всі 52 n чи будь-яку їх підмножину. SEQ ID №: 1 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання Zmlga4, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 8 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 2 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 8 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 3 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmDr1, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 4 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmDrA, кодуючим залежний від напруги аніонний канал, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 7 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. 10 UA 111937 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 SEQ ID №: 5 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmDr2, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 2 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 6 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmDr3, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 2 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 7 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmDr4, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 8 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 8 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmМа3, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 2 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 9 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmDr6, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 4 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 10 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmBglcn, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 3 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 11 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmLOC100276591, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №№: 12 і 13 являють собою нуклеотидні послідовності, які зв’язані з локусом оптимізації водоспоживання ZmDr7, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 1 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 14 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmDr8, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 15 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmHsp70, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 1 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 16 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmDr9, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 4 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 17 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmDrВ, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 18 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmAdh1-1s, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 1 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 19 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmDr10, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 8 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 20 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmDrС, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. 11 UA 111937 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 SEQ ID №: 21 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmDr5, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 5 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 22 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmDrD, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 5 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 23 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання Zea mays, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 8 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 24 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання Zea mays, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 8 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 25 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmDr12, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 8 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 26 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання Zea mays, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 8 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 27 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmDrЕ, кодуючим легумін-подібний білок (сl2-1), підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 8 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 28 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmDrF, кодуючим передбачувану целюлозосинтазу, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 9 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 29 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання Zea mays, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 8 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 30 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmDhn2, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 4 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 31 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmDr16, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 8 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 32 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmDr17, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 33 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання Zea mays, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 8 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 34 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmZCN6, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 4 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 35 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmDrG, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 5 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. 12 UA 111937 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 SEQ ID №: 36 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmDhn1, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 6 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 37 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmDrH, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 5 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 38 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmDrI, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 3 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 39 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmDrJ, кодуючим фактор реплікації ДНК mcm5 підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 5 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 40 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmH2B1, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 4 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 41 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmDr3, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 2 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 42 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmDrК, кодуючим неорганічну фосфатазу, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 43 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmCat1, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 5 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №№: 44 і 45 являють собою нуклеотидні послідовності, які зв’язані з локусом оптимізації водоспоживання Zea mays, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 8 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 46 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання Zea mays, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 8 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 47 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання Zea mays, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 8 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 48 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання Zea mays, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 8 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 49 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmRIC1, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 8 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №№: 50 і 51 являють собою нуклеотидні послідовності, які зв’язані з локусом оптимізації водоспоживання ZmPK4, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 8 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 52 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання Zpu1, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 2 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. 13 UA 111937 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 SEQ ID №: 53 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmDrL, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 9 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 54 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання ZmDrM, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 7 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 55 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання Zea mays, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 8 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 56 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання Zea mays, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 8 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 57 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання Zea mays, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 8 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 58 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання Zea mays, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 8 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 59 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання Zea mays, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 8 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 60 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання Zea mays, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 8 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №: 400 являє собою нуклеотидну послідовність, яка зв’язана з локусом оптимізації водоспоживання Zea mays, підпослідовності якої можуть бути ампліфіковані з хромосоми 4 генома Zea mays за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з праймерами ампліфікації, як показано далі в Таблиці 4. SEQ ID №№: 61-117 і 401 являють собою нуклеотидні послідовності в базі даних GenBank® (доступної через Інтернет на сайті Національного центра біотехнологічної інформації (NCBI) Національних інститутів здоров’я, США), які відповідають (тобто, походять з того самого хромосомного локусу в Zea mays), послідовностям SEQ ID №№: 1-60 і 400. Відношення між послідовностями SEQ ID №№: 1-60 і 400 та SEQ ID №№: 61-117 і 401 наведені далі в Таблиці 3. Таблиця 3 Послідовності в базі даних GenBank®, що відповідають послідовностям SEQ ID №№: 1-60 і 400 SEQ ID №. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 Номер доступу GENBANK® AC214546.3 AC206432.3 AC218964.2 AC198035.3 AC204020.3 AC206638.3 AC206220.1 AC213636.3 AC184130.4 AC186650.4 AC214515.3 Відповідні нуклеотиди * 79631-80177 76561-76072 18179-18598 158268-157254 180680-179781 120959-121302 197895-190521 7053-6486 28529-28053 44576-75791 46309-46830 14 SEQ ID №. відповідних нуклеотидів 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 UA 111937 C2 Продовження таблиці 3 12, 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44, 45 46 47 48 49 50, 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 400 5 AC211214.4 AC199476.4 AC213668.4 AC196196.4 AC214144.3 AC190915.3 AC209819.3 AC187243.3 AC203390.3 AC195458.3 AC201782.4 AC218166.3 AC194405.3 AC213631.3 AC217937.3 AC211740.4 AC199040.3 AC203943.3 AC210725.4 AC231410.4 AC195798.3 AC183820.4 AC214256.3 AC214345.3 AC198140.3 AC204009.3 AC205343.3 AC196429.3 AC206638.3 AC191554.3 AC197489.3 AC212232.3 AC187869.3 AC212049.4 AC194834.3 AC187038.3 AC212049.4 AC202148.4 AC194911.4 AC195167.2 AC202530.4 AC218457.2 AC195989.4 AC207558.3 AC204398.3 AC211925.4 AC196429.3 215368-214930 103707-103339 30778-29943 76499-75481 162815-162317 6402-5517 153562-152716 135331-136145 86249-86674 170810-171228 26367-27234 71588-72496 40048-39222 77810-79676 111822-111263 24016-14511 88703-89626 104038-102899 219394-219870 60838-60463 48792-47973 23492-22810 19884-20648 27168-26399 149518-149097 60314-59762 136853-136242 5293-5956 118845-119524 29279-28345 40538-39734 61043-62624 65344-64604 47472-46845 115968-117051 139008-139936 54492-53643 92457-93062 42128-41419 55324-56161 20157-19337 26390-27041 114536-115181 122483-121881 137510-138350 71848-71390 5293-5956 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 401 * Цифри в даній колонці, що йдуть від меншого значення до більшого, показують, що запис в базі дантх GenBank® відповідає послідовності нуклеотидів з того ж ланцюга, що й у відповідній послідовності, представленій в SEQ ID №№: 1-60 і 400. Для тих записів, в яких цифри в даній колонці йдуть від більшого значення до меншого значення, нуклеотидна послідовність, наведена в запису бази даних GenBank®, являє собою зворотний комплемент нуклеотидної послідовності, що відповідає послідовностям SEQ ID №№: 1-60 і 400. 15 UA 111937 C2 5 10 Послідовності SEQ ID №№: 61-117 і 401 були додані до бази даних GenBank® центром Genome Sequencing Center, Washington University School of Medicine в Сент-Луїсі, штат Міссурі, США. Як вказано в анотаціях до цих записів в базі даних, ці послідовності були частиною зусиль консорціуму The Maize Sequencing Consortium по секвенуванню генома Zea mays. Наразі зусилля по секвенуванню не завершені, і різні ділянки генома Zea mays залишаються не секвенованими та/або послідовності не були впорядковані (чи потенційно, їх впорядкованість була порушена) в базі даних GenBank®. В таблице 4 перелічені SEQ ID № послідовностей для олігонуклеотидів, які можуть бути використані для ампліфікації нуклеїнових кислот Zea mays, отриманих з локусів, що відповідають послідовностям SEQ ID №№: 1-117, 400 і 401, і наведені приклади ампліконів, які продукуються у такий спосіб. В Таблиці 4 наведена позиція нуклеотиду в кожній послідовності локусів послідовностей SEQ ID №№: 1-60, яка стосується поліморфізму (в певних варіантах здійснення винаходу – SNP), що асоціюється з ознакою оптимізації водоспоживання, а також відповідна позиція нуклеотиду для поліморфізму в кожному ампліконі. 15 Таблиця 4 SEQ ID № для олігонуклеотидів, які можуть бути використані для ампліфікації та/або аналізу локусів Zea mays, які відповідають послідовностям SEQ ID №№: 1-117, 400 і 401 Локус (SEQ ID №.) 1, 61 Приклади праймерів ампліфікації (SEQ ID №) 118 і 119 2, 62 120 і 121 3, 63 4, 64 5, 65 6, 66 7, 67 122 і 123 124 і 125 126 і 127 128 і 129 130 і 131 Позиція(ї) SNP послідовності SEQ ID №№: 1-60 115 270 301 483 100 264-271 216 503 818-821 254 4497-4498 4505 4609 4641 4792 4836 4844 4969 4979-4981 8, 68 132 і 133 9, 69 10, 70 11, 71 12, 13, 72 134 і 135 136 і 137 138 і 139 140 і 141 14, 73 15, 74 16, 75 17, 76 18, 77 142 і 143 144 і 145 146 і 147 148 і 149 150 і 151 217 390 477 292 166 148 94 (12) 35 (13) 86 (13) 89 (13) 432 753 755 431 518 16 Приклади праймерів, використовуваних для аналізу (SEQ ID №) 232, 233 348, 349 346, 347 234, 235 236, 237 238, 239 240, 241 246, 247 244, 245 352, 353 248, 249 250, 251 242, 243 350, 351 252, 253 254, 255 256, 257 258, 259 260, 261 262, 263 264, 265 266, 267 268, 269 270, 271 272, 273 274, 275 276, 277 UA 111937 C2 Продовження таблиці 4 19, 78 152 і 153 182 309 330 463 20, 79 21, 80 154 і 155 156 і 157 22, 81 23, 82 158 і 159 160 і 161 24, 83 25, 84 162 і 163 164 і 165 26, 85 27, 86 166 і 167 168 і 169 28, 87 170 і 171 29, 88 30, 89 172 і 173 174 і 175 31, 90 32, 91 33, 92 34, 93 176 і 177 178 і 179 180 і 181 182 і 183 35, 94 36, 95 184 і 185 186 і 187 37, 96 188 і 189 38, 97 190 і 191 39, 98 40, 99 41, 100 192 і 193 194 і 195 196 і 197 42, 101 198 і 199 43, 102 44, 45, 103 46, 104 47, 105 48, 106 200 і 201 202 і 203 204 і 205 206 і 207 208 і 209 773-776 61 200 316-324 211 116 217 746 562 1271 64 254 98 147 224 496 258 259 296 398 1057 239 208 391 144-145 169 537 76 500 568 698 375 386 309 342 445 602 190 580 238 266-268 808 708 266 (44) 475 (45) 386 87 472 17 280, 281 282, 283 356, 357 278, 279 354, 355 284, 285 286, 287 288, 289 360, 361 358, 359 362, 363 290, 291 364, 365 366, 367 292, 293 368, 369 294, 295 370, 371 298, 299 296, 297 300, 301 302, 303 372, 373 304, 305 308, 309 306, 307 310, 311 312, 313 316, 317 314, 315 318, 319 320, 321 322, 323 324, 325 326, 327 328, 329 330, 331 332, 333 374, 375 376, 377 378, 379 380, 381 382, 383 UA 111937 C2 Продовження таблиці 4 49, 107 50, 51, 108 52, 109 53, 110 210 і 211 212 і 213 214 і 215 216 і 217 54, 111 55, 112 56, 113 57, 114 58, 115 59, 116 60, 117 400, 401 5 10 15 20 25 30 35 218 і 219 220 і 221 222 і 223 224 і 225 226 і 227 228 і 229 230 і 231 402, 403; 404, 405; 406, 407 166 24 650 892 111 (51) 541 (50) 442 83 428 491 548 126 193 237 516 173 486 729 267 83 119 601 334, 335 384, 385 336, 337 338, 339 342, 343 340, 341 344, 345 386, 387 388, 389 390, 391 392, 393 394, 395 396, 397 398, 399 408, 409; 410, 411; 412, 413 Як видно з Таблиць 3 і 4, деякі з послідовностей SEQ ID №№: 1-399 є пов’язаними одна з одною. Наприклад, SEQ ID №: 1 являє собою нуклеотидну послідовність із Zea mays, яку було картовано в локусі Zmlga4 на хромосомі 8 Zea mays. Підпослідовність SEQ ID №: 1 може бути ампліфікована в реакції ампліфікації (наприклад, ПЛР) для отримання амплікону за допомогою олігонуклеотидів, що мають нижченаведені послідовності SEQ ID №№: 118 і 119. В позиції 270 послідовності SEQ ID №: 1 знаходиться SNP, і конкретний нуклеотид, присутній в будь-якому зразку нуклеїнової кислоти в даній позиції, можна визначити за допомогою олігонуклеотидів, які мають нижченаведені послідовності SEQ ID №№: 232 і 233. Крім того, номер доступу GenBank® AC214546.3 включає підпослідовність (наприклад, нуклеотиди 79,631-80,177; послідовність SEQ ID №: 61), яка сама є дуже подібною до послідовності SEQ ID №: 1 (з 538 ідентичними нуклеотидами з 552 нуклеотидів, відсоток ідентичності становить 98%) і, відповідно, є присутньою в тому ж локусі, з якого походить послідовність SEQ ID №: 1. Відмінності між цими двома послідовностями (які можна виявити за допомогою алгоритму BLAST, алгоритму ClustalX чи будь-якого іншого придатного способу аналізу) можуть бути віднесені на рахунок нормальної мінливості в межах популяцій Zea mays. Підпослідовність SEQ ID №: 61 також можна ампліфікувати в реакції ампліфікації (наприклад, ПЛР) для отримання амплікону за допомогою олігонуклеотидів, що мають нижченаведені послідовності SEQ ID №№: 118 і 119. Олігонуклеотиди, що мають нижченаведені послідовності SEQ ID №№: 232 і 233, також можуть бути використані для аналізу нуклеотидної основи, яка знаходиться в положенні, що відповідає позиції 270 послідовності SEQ ID №: 1. Для послідовностей SEQ ID №№: 2-399 аналогічні взаємовідносини існують з вищеописаними послідовностями SEQ ID NO:, і спеціаліст в даній галузі зможе ідентифікувати їх за допомогою звичайних способів аналізу послідовностей. Слід зазначити, що у відношенні певних послідовностей SEQ ID №№: 1-60, 400 повна нуклеотидна послідовність геномного клону, яка включає послідовність повного розміру, що відповідає даним послідовностям, можливо, ще не була додана консорціумом The Maize Sequencing Consortium до бази даних GenBank®. Тим не менш, за допомогою інформації про послідовності, наведеній тут, спеціаліст в даній галузі зможе однозначно ідентифікувати локуси Zea mays, які відповідають послідовностям SEQ ID №№: 1-117. Докладний опис винаходу Описаний в даному документі об’єкт винаходу стосується композицій і способів для виявлення, відбору та/або отримання кукурудзи з підвищеною посухостійкістю (яка називається тут також оптимізацією водоспоживання), а також рослин кукурудзи, виявлених, відібраних та/або отриманих будь-яким способом за цим винаходом. До того ж, описаний в даному 18 UA 111937 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 документі об’єкт винаходу стосується рослин і зародкової плазми кукурудзи, що мають в своїх геномах один чи більше маркерів, які асоціюються з підвищеною посухостійкістю. Для оцінки значення алелів та/або гаплотипів при посусі проводився скринінг різних зразків зародкової плазми в контрольованих польових експериментах, які включали контрольну обробку з повним зрошенням і експериментальну обробку з обмеженим зрошенням. Мета обробки з повним зрошенням полягала в забезпеченні того, щоб вода не обмежувала продуктивність врожаю. З іншого боку, мета обробки з обмеженим зрошенням полягала в забезпеченні того, щоб вода стала основним обмежуючим чинником для урожайності зерна. Основні діючі чинники (наприклад, обробка і генотип) і їх взаємодія (наприклад, генотип х обробка) можуть бути виявлені, коли ці два види обробки застосовуються поряд один з одним на даному полі. Більше того, для кожного генотипу в панелі кількісно оцінювався викликаний посухою фенотип, що дозволяло проводити асоціації маркер: ознака. На практиці спосіб обробки з обмеженим зрошенням може широко варіювати в залежності від зародкової плазми, яка піддається скринінгу, типу грунту, кліматичних умов на місці, режиму зрошення перед початком сезону і режиму зрошення в сезон і т.п. Спочатку визначають місце, де в сезон кількість опадів невелика (щоб звести до мінімуму ймовірність ненавмисного зрошення) і яке є придатним для вирощування сільськогосподарських культур. Крім того, може бути важливим визначення строків стресового впливу з метою забезпечення постійності скринінгу в даному місці з року в рік чи від ділянки до ділянки. Також може враховуватись інтенсивність обробки або, в певних випадках, бажана втрата врожаю в результаті обробки з обмеженим зрошенням. Вибір надто легкої інтенсивності обробки може завадити виявленню мінливості генотипу. Вибір надто тяжкої інтенсивності обробки може призводити до занадто великої експериментальної похибки. Як тільки визначені строки стресового впливу і рівень інтенсивності обробки, може здійснюватись зрошення у такий спосіб, щоб це відповідало поставленим цілям. І. Визначення Хоча можна вважати, що використовувані тут терміни є добре зрозумілими спеціалісту в цій галузі, наступні визначення наведені для того, щоб полегшити пояснення описаного в даному документі об’єкта винаходу. Всі наукові і технічні терміни, використані в даному документі, якщо не зазначається інше, мають те саме значення, яке звичайно є зрозумілим для спеціаліста в цій галузі. Посилання на способи, застосовувані в даному документі, призначені для позначення способів, як звичайно розуміють в даній галузі, в тому числі варіацій даних способів чи заміни еквівалентних способів, які були б очевидними для спеціалістів в цій галузі. Хоча можна вважати, що використовувані тут терміни є добре зрозумілими спеціалісту в цій галузі, наступні визначення наведені для того, щоб полегшити пояснення описаного в даному документі об’єкта винаходу. У відповідності до давньої конвенції щодо норм патентного права, невизначений артикль «а», невизначений артикль «an» і визначений артикль «the» стосуються «одного чи більше», коли використовуються в даній заявці, у формулі винаходу включно. Наприклад, термін «маркер» стосується одного чи більше маркерів. Аналогічним чином, вираз «щонайменше один», використаний тут для визначення якогось предмету, стосується, наприклад, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 75, 100 чи більше таких предметів, включаючи, але не обмежуючись ними, цілі значення числа від 1 до 100 і більше, ніж 100. Коли не вказується інше, має бути зрозумілим, що всі цифри, які стосуються кількості інгредієнтів, умов реакції і т.п., наведені в описі і формулі винаходу, у всіх випадках модифікуються терміном «біля». Термін «біля», як він використовується в цьому документі, коли йдеться про вимірювану величину, таку як кількість маси, вага, час, об’єм, концентрація чи відсоток, призначений для того, щоб охоплювати коливання цієї величини, які в певних варіантах здійснення цього винаходу становлять ±20%, в певних варіантах здійснення цього винаходу становлять ±10%, в певних варіантах здійснення цього винаходу становлять ±5%, в певних варіантах здійснення цього винаходу становлять ±1%, в певних варіантах здійснення цього винаходу становлять ±0,5%, а в певних варіантах здійснення цього винаходу становлять ±0,1% від вказаної кількості, оскільки такі коливання відповідають виконанню описаних способів. Відповідно, коли не вказується інше, наведені в описі і формулі винаходу цифри є приблизними і можуть варіювати в залежності від бажаних властивостей, яких має набути описаний в даному документі об’єкт винаходу. Термін «та/або» означає і охоплює будь-які можливі комбінації одного чи більше асоційованих перелічених елементів, а також відсутність їх комбінації при його інтерпретації як протипоставлення («або»). 19 UA 111937 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 Використовуваний тут термін «алель» стосується варіанту чи альтернативної форми послідовності в генетичному локусі. В диплоїдах один алель в кожному локусі успадковується потомком окремо від кожного з батьків. Два алелі даного локусу, присутнього в диплоїдному організмі, займають відповідні місця на парі гомологічних хромосом, хоча спеціалісту в цій галузі має бути зрозуміло, що алелі у будь-якого конкретного індивіда не обов’язково представляють всі алелі, які має даний вид. Термін «інтервал часу між випусканням пилку і фазою викидання маточкових стовпчиків» (ASI) стосується різниці між тим, коли рослина починає скидати пилок і коли в неї починається фаза викидання маточкових стовпчиків (у жіночих особин). Дані збираються по кожній ділянці. В певних варіантах здійснення цього винаходу цей інтервал виражається в днях. Вираз «асоційований з» стосується взаємовідношення між двома суб’єктами, яке пізнається чи оцінюється. Наприклад, «асоційований з ознакою оптимізації водоспоживання» стосується ознаки, локусу, гену, алеля, маркеру, фенотипу і т.п. чи їх експресії, присутність чи відсутність яких може впливати на ступінь, рівень та/або швидкість, з якою росте рослина, що становить інтерес, чи її частина, яка володіє ознакою оптимізації водоспоживання. Отже, маркер є «асоційованим з» ознакою, коли він є зв’язаним з нею і коли присутність маркера є індикатором того, чи зустрічається бажана ознака чи форма ознаки та/або в якому ступені бажана ознака чи форма ознаки будуть зустрічатись в рослині/зародковій плазмі, що містять маркер. Аналогічним чином, маркер є «асоційованим з» алелем, коли він є зв’язаним з ним і коли присутність маркера є індикатором того, чи присутній алель в рослині/зародковій плазмі, що містить маркер. Наприклад, «маркер, асоційований з підвищеною посухостійкістю» стосується маркера, присутність чи відсутність якого може бути використана для передбачення того, чи буде і в якій мірі посухостійким фенотип рослини. Використовувані тут терміни «беккрос» чи «зворотне схрещування» стосуються способу, який передбачає повторне зворотне схрещування рослини-потомка з одним з його батьків. В схемі зворотного схрещування батько-«донор» стосується батьківської рослини з бажаним геном чи локусом, який потрібно інтрогресувати. Батько-«реципієнт» (використовується один чи більше разів) або «рекурентний» батько (використовується два чи більше разів) стосується батьківської рослини, в якому ген чи локус є інтрогресованим. Наприклад, дивись Ragot, M. et al. Marker-assisted Backcrossing: A Practical Example, in Techniques et Utilisations des Marqueurs Moleculaires Les Colloques, Vol. 72, pp. 45-56 (1995); і Openshaw et al., Marker-assisted Selection in Backcross Breeding, in Proceedings of the Symposium “Analysis of Molecular Marker Data,” pp. 41-43 (1994). Початкове схрещування дає покоління F1. Термін «ВС1» стосується другого використання рекурентного батька, «ВС2» стосується третього використання рекурентного батька і т.д. В певних варіантах здійснення цього винаходу беккрос проводять повторно з індивідуальним потомком кожного наступного беккрос-покоління, який сам є зворотно схрещеним з тим самим батьківським генотипом. Сантиморганіда («сМ») – це одиниця вимірювання частоти рекомбінації. Одна сМ дорівнює 1% ймовірності того, що маркер в одному генетичному локусі буде відділеним від маркера у другому локусі завдяки кросинговеру в одному поколінні. Використовуваний тут термін «хромосома» застосовується у визнаному в даній галузі значенні самовідтворювальної генетичної структури в клітинному ядрі, що містить клітинну ДНК і має в своїй нуклеотидній послідовності лінійний набір генів. Номери хромосом Zea mays, описані тут, відносяться до номерів хромосом, наведених в роботі Perin et al., 2002, яка базується на номенклатурній системі, прийнятій L'institut National da Ia Recherché Agronomique (INRA; Paris, Франція). Використовуваний тут вираз «консенсусна послідовність» стосується послідовності ДНК, сконструйованої для ідентифікації нуклеотидних відмінностей (наприклад, поліморфізмів SNP і Indel) в алелях в локусі. Консенсусна послідовність може являти собою нитку ДНК в локусі і визначає нуклеотид(и) в одній чи більше позиціях (наприклад, в одному чи більше SNP та/або в одному чи більше Indel) в локусі. В певних варіантах здійснення цього винаходу консенсусна послідовність використовується для розробки олігонуклеотидів і зондів для виявлення поліморфізмів у локусі. Термін «містить», який є синонімом слова «включає», «складається» чи «характеризується», є інклюзивним чи відкритим поняттям, яке не виключає додаткових, припустимих елементів та/або стадій здійснення способу. «Містить» - це термін з галузі техніки, який означає, що названі елементи та/або стадії є присутніми, але що інші елементи та/або стадії можуть бути додані і також входять в об’єм відповідного об’єкта винаходу. Використовуваний тут вираз «складається з» виключає будь-який елемент, стадію чи інгредієнт, який конкретно не згадується. Наприклад, коли вираз «складається з» з’являється в 20 UA 111937 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 пункті формули винаходу, а не відразу після преамбули, він обмежує тільки елемент, викладений в даному пункті, інші ж елементи не виключаються з формули винаходу в цілому. Використовуваний тут вираз «складається в основному з» обмежує об’єм відповідного опису чи претензій вказаними матеріалами та/або стадіями, а також тими матеріалами та/або стадіями, які суттєво не впливають на основну(і) і нову(і) характеристику(и) описаного та/або заявленого об’єкта. Наприклад, описаний в даному документі об’єкт винаходу в певних варіантах здійснення цього винаходу стосується інтрогресії сприятливих алелів та/або гаплотипів в рослини кукурудзи. Один локус, який містить деякі сприятливі алелі та/або гаплотипи, представлений послідовністю SEQ ID №: 7, яка включає дев’ять (9) різних поліморфізмів, наведених в даному документі, з дев’ятьма різними сприятливими алелями. Для будь-якого даного інтрогресивного зусилля по відношенню до генетичного локусу, який відповідає послідовності SEQ ID №: 7, даний спосіб може «складатись в основному з» інтрогресії виявленого сприятливого алеля, вибраного з дев’яти даних поліморфних розташувань, що означає, що згаданий сприятливий алель є єдиним сприятливим алелем, інтрогресованим в геном потомства. Слід зазначити, однак, що додаткові поліморфні локуси також будуть інтрогресуватись в геном, хоча наслідки такої інтрогресії можуть бути невідомими або можуть не становити інтересу. У відношенні термінів «містить», «складається в основному з» і «складається з», коли один з даних трьох термінів використовується тут, описаний в цьому документі і заявлений об’єкт може включати застосування також будь-якого з двох інших термінів. Наприклад, описаний в даному документі об’єкт винаходу в певних варіантах здійснення цього винаходу стосується олігонуклеотидних праймерів, що містять будь-яку з послідовностей SEQ ID №№: 118-399 і 402413. Зрозуміло, отже, що описаний в даному документі об’єкт винаходу, містить також олігонуклеотидні праймери, які в певних варіантах здійснення цього винаходу складаються в основному з будь-якої з послідовностей SEQ ID №№: 118-399 і 402-113, а також олігонуклеотидних праймерів, які в певних варіантах здійснення цього винаходу містять будьяку з послідовностей SEQ ID №№: 118-399 і 402-113. Аналогічним чином, має бути зрозумілим також, що в певних варіантах здійснення цього винаходу способи описаного в даному документі об’єкта винаходу включають стадії, описані тут, в певних варіантах здійснення цього винаходу способи описаного в даному документі об’єкта винаходу складаються в основному зі стадій, які описані, і в певних варіантах здійснення цього винаходу способи описаного в даному документі об’єкта винаходу складаються зі стадій, які описані в даному документі. Використовувані тут терміни «схрещування» чи «схрещені» стосуються злиття гамет через запилення, щоб дати потомство (наприклад, клітини, насіння чи рослини). Ці терміни охоплюють як статеве схрещування (запилення однієї рослини другою), так і самосхрещування (самозапилення, наприклад, коли пилок і яйцеклітина походять від однієї і тієї ж рослини). Термін «схрещувати» стосується акту злиття гамет через запилення для отримання потомства. Використовувані тут терміни «сорт» і «різновид» стосуються групи аналогічних рослин, які можна відрізнити від інших сортів в межах одного виду за структурними і генетичними особливостями та/або продуктивністю. Використовувані тут терміни «бажаний алель» і «алель, що становить інтерес» застосовуються взаємозамінно для позначення алеля, асоційованого з бажаною ознакою. В певних варіантах здійснення цього винаходу вирази «бажаний алель» та/або «алель, що становить інтерес» можуть бути пов’язані зі збільшенням чи зі зменшенням даної ознаки або в даній ознаці, в залежності від характеру бажаного фенотипу. В певних варіантах здійснення цього винаходу вирази «бажаний алель» та/або «алель, що становить інтерес» можуть бути пов’язані зі зміною в морфології, кольорі і т.п. Використовувані тут терміни «посухостійкість» і «посухостійкий» стосуються здатності рослин переносити посуху та/або квітнути в умовах посухи. При використанні у відношенні зародкової плазми ці термін стосуються здатності рослини , яка проростає з зародкової плазми, переносити посуху та/або квітнути в умовах посухи. Звичайно рослину чи зародкову плазму визначають як «посухостійкі», коли вони демонструють «підвищену посухостійкість». Використовуваний тут термін «підвищена посухостійкість» стосується поліпшення, підвищення чи збільшення в одному чи більше фенотипах оптимізації водоспоживання, у порівнянні з однією чи більше контрольними рослинами (наприклад, один чи обидва батьки або рослина, у якої відсутній маркер, асоційований з підвищеною посухостійкості). Приклади фенотипів оптимізації водоспоживання включають, не обмежуючись ними, урожайність зерна при стандартному відсотку вологості (YGSMN), вологість зерна в період збирання врожаю (GMSTP), вага зерна на ділянку (GWTPN), відсоток відновлення врожайності (PYREC), зниження врожайності (YRED), інтервал часу між скиданням пилку і фазою викидання 21 UA 111937 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 маточкових стовпчиків (ASI) і відсоток безплідних рослин (PB). Таким чином, рослина, яка демонструє більш високий YGSMN, ніж один чи обидва його батьки, коли кожний з них є вирощеним в умовах посухи, відображає підвищену посухостійкість і може бути визначена як «посухостійка». Використовувані тут терміни «еліта» і «елітна лінія» стосуються будь-якої лінії, яка являється по суті гомозиготною і є результатом виведення і селекції з метою досягнення бажаної агрономічної продуктивності. Використовуваний тут термін «ген» стосується одиниці, що успадковується, яка включає послідовність ДНК, займає конкретне місце на хромосомі і містить генетичну інструкцію для специфічної характерної риси чи ознаки в організмі. «Генетична карта» являє собою опис обумовлених зчепленням генів взаємовідношень між локусами на одній чи більше хромосомах в межах даного виду, який звичайно представляють в схематичній чи табличній формі. Для кожної генетичної карти відстані між локусами вимірюються частотами рекомбінації між ними. Рекомбінації між локусами можуть виявлятись за допомогою різних маркерів. Генетична карта є продуктом популяції, що картується, типів застосованих маркерів і поліморфного потенціалу кожного маркера між різними популяціями. Порядок локусів і генетичні відстані між ними можуть відрізнятись від однієї генетичної карти до іншої. Використовуваний тут вираз «генетичний маркер стосується послідовності нуклеїнових кислот (наприклад, поліморфної послідовності нуклеїнових кислот), яку було ідентифіковано як асоційовану з локусом чи алелем, що становить інтерес, і яка вказує на присутність чи відсутність локусу чи алеля, що становить інтерес, в клітині чи організмі. Приклади генетичних маркерів включають, не обмежуючись ними, гени, ДНК- чи РНК-похідні послідовності, промотори, будь-які не трансльовані ділянки гену, мікроРНК, siRNA, QTL, трансгени, мРНК, dsРНК, транскрипційні профілі і паттерни метилювання. Використовуваний тут термін «генотип» стосується генетичної конституції індивіда (чи групи індивідів) в одному чи більше генетичних локусах, в протилежність спостережуваній та/або виявленій та/або проявленій ознаці (фенотипу). Генотип визначається алелем (алелями) та/або гаплотипом (гаплотипами) одного чи більше відомих локусів, які індивід успадкував від своїх батьків. Термін генотип може бути застосований для позначення генетичної конституції індивіда в одному локусі, в кількох локусах або, більш широко, термін генотип може бути застосований для позначення генетичної будови індивіда для всіх генів в його геномі. Генотипи можуть бути охарактеризовані побічно, наприклад за допомогою маркерів, та/або охарактеризовані безпосередньо секвенуванням послідовності нуклеїнових кислот. Використовуваний тут термін «зародкова плазма» стосується генетичного матеріалу індивіда чи від індивіда (наприклад, рослини), групи індивідів (наприклад, рослинна лінія, сорт чи сім’я) або клону, що походить від лінії, сорту, виду чи культури. Зародкова плазма може бути частиною організму чи клітини або може бути відділеною від організму чи клітини. В загальному випадку, зародкова плазма забезпечує генетичний матеріал з конкретною молекулярною будовою, яка становить фізичну основу для певних чи для всіх спадкових якостей організму чи клітинної культури. Використовуваний тут термін «зародкова плазма» включає клітини, насіння чи тканини, з яких можна вирощувати нові рослини, а також частини рослин, такі як листя, стебла, пилок чи клітини, з яких культивуванням можна отримати цільну рослину. «Гаплотип» являє собою генотип індивіда в множині генетичних локусів, тобто комбінацію алелів. Типово, генетичні локуси, які визначають гаплотип, фізично і генетично зчеплені між собою, тобто знаходяться на одному і тому ж сегменті хромосоми. Термін «гаплотип» може стосуватись поліморфізмів в конкретному локусі, такому як один маркерний локус, чи поліморфізмів в кількох локусах вздовж сегмента хромосоми. «Гетерозисна група» містить набір генотипів, які добре працюють при схрещуванні з генотипами з іншої гетерозисної групи (Hallauer et al., Corn breeding, in CORN AND CORN IMPROVEMENT p. 463-564 (1998)). Інбредні лінії поділяються на гетерозисні групи, а всередині гетерозисної групи додатково поділяються на сім’ї на основі кількох критеріїв, таких як родовід, асоціації на основі молекулярних маркерів, а також продуктивність в гібридних комбінаціях (Smith et al., Theor. Appl. Gen. 80:833 (1990)). Використовуваний тут термін «гетерозиготний» стосується генетичного статусу, коли у відповідних локусах на гомологічних хромосомах знаходяться різні алелі. Використовуваний тут термін «гомозиготний» стосується генетичного статусу, коли у відповідних локусах на гомологічних хромосомах знаходяться ідентичні алелі. Слід зазначити, що обидва ці терміни можуть стосуватись позицій одиночних нуклеотидів, позицій кількох нуклеотидів, незалежно від того, суміжні вони чи ні, або цілих локусів на гомологічних хромосомах. 22 UA 111937 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 Використовуваний тут термін «гібридний» стосується насіння та/або рослини, отриманих при схрещуванні щонайменше двох генетично різнорідних батьків. Використовуваний тут термін «гібридний», коли застосовується в контексті нуклеїнових кислот, стосується двонитчастої молекули нуклеїнової кислоти чи дуплексу, утвореному водневими зв’язками між комплементарними нуклеотидами. Терміни «гібридизуватись» і «відпал» стосуються способу, за яким одиночні нитки послідовностей нуклеїнових кислот утворюють сегменти подвійної спіралі за рахунок водневих зв’язків між комплементарними основами. Використовуваний тут вираз «Illumina® GoldenGate® Assay» стосується набору для високопродуктивного аналізу генотипування, який продається компанією Illumina Inc. Сан-Дієго, Каліфорнія, США, за допомогою якого можна отримувати SNP-специфічні ПЛР-продукти. Даний аналіз докладно описаний на сайті Illumina Inc. та у Fan et al., 2006. Використовуваний тут вираз «в безпосередній близькості», коли застосовується для опису молекули нуклеїнової кислоти, яка гібридизується з ДНК, що містить поліморфізм, стосується нуклеїнової кислоти, яка гібридизується з послідовністю ДНК, що безпосередньо примикає до поліморфної позиції нуклеотидної основи. Наприклад, молекула нуклеїнової кислоти, яка може бути застосована в аналізі однонуклеотидного видовження, знаходиться «в безпосередній близькості» до поліморфізму. Використовуваний тут вираз «поліпшений» і його граматичні варіанти стосується рослини чи її частини, її потомства чи тканинних культур, які, внаслідок присутності (чи відсутності) специфічного алелі, асоційованого з оптимізацією водоспоживання (такого як, але не обмежуючись ними, описані тут алелі асоційовані з оптимізацією водоспоживання), характеризуються більш високим чи низьким рівнем ознаки, асоційованої з оптимізацією водоспоживання, в залежності від того, який рівень – більш високий чи більш низький – є бажаним для певної цілі. Використовуваний тут термін «інбредний» стосується суттєво гомозиготної рослини чи сорту. Даний термін може стосуватись рослини чи сорту, які є суттєво гомозиготними на протязі всього геному, або які є суттєво гомозиготними по відношенню до ділянки геному, що становить особливий інтерес. Використовуваний тут термін «INDEL» (використовується також написання «indel») стосується інсерції чи делеції в парі нуклеотидних послідовностей, причому перша послідовність може бути позначена як така, що має інсерцію відносно другої послідовності, або друга послідовність може бути позначена як така, що має делецію відносно першої послідовності. Використовуваний тут термін «інформативний фрагмент» стосується нуклеотидної послідовності, що містить фрагмент більшої нуклеотидної послідовності, причому даний фрагмент забезпечує ідентифікацію одного чи більше алелів всередині більшої нуклеотидної послідовності. Наприклад, інформативний фрагмент нуклеотидної послідовності SEQ ID №: 1 містить фрагмент нуклеотидної послідовності SEQ ID №: 1 і дозволяє ідентифікацію одного чи більше алелів (наприклад, нуклеотид G в позиції 115 послідовності SEQ ID №: 1, нуклеотид А в позиції, яка відповідає позиції 270 послідовності SEQ ID №: 1, нуклеотид Т в позиції, яка відповідає позиції 301 послідовності SEQ ID №: 1, та/або нуклеотид А в позиції, яка відповідає позиції 483). Використовуваний тут вираз «інтеррогативне положення» означає фізичне положення на твердій підкладці, яке може бути використане в аналізі для отримання даних генотипування для одного чи більше заданих геномних поліморфізмів. Використовувані тут терміни «інтрогресія», «інтрогресування» і «інтрогресований» стосуються як природної, так і штучної передачі бажаного алеля чи комбінації бажаних алелів генетичного локусу чи генетичних локусів від одного генетичного фона іншому. Наприклад, бажаний алель у вказаному локусі може бути переданим щонайменше одним потомком через статеве схрещування між двома батьками одного і того ж виду, де принаймні один з батьків має в своєму геномі бажаний алель. Альтернативно, наприклад, передача алеля може відбуватись шляхом рекомбінації між двома донорськими геномами, наприклад в злитому протопласті, де щонайменше один з донорських протопластів має в своєму геномі бажаний алель. Бажаний алель може бути вибраним алелем маркера, QTL, трансгену і т.п. Потомок, який містить бажаний алель, можна повторно зворотно схрестити з лінією, що має бажаний генетичний фон, і відібраний за бажаним алелем, в результаті чого бажаний алель фіксується в бажаному генетичному фоні. Наприклад, маркер, асоційований з підвищеною посухостійкістю, можна інтрогресувати від донора рекурентному батькові, нестійкому до посухи чи тільки частково 23 UA 111937 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 стійкому до посухи. Отримане потомство можна повторно зворотно схрещувати і відбирати доти, доки потомок не придбає алель посухостійкості на генетичному фоні рекурентного батька. Використовуваний тут термін «виділений» стосується нуклеотидної послідовності (наприклад, генетичного маркера), вільної від послідовностей, які звичайно фланкують один чи обидва боки нуклеотидної послідовності в рослинному геномі. Таким чином, вираз «виділений і очищений генетичний маркер, асоційований з ознакою оптимізації водоспоживання у Zea mays» може означати, наприклад, молекулу рекомбінантної ДНК за тієї умови, що одна з послідовностей нуклеїнових кислот, яка звичайно фланкує таку рекомбінантну молекулу ДНК в геномі, який зустрічається в природних умовах, видалена чи є відсутньою. Отже, виділені нуклеїнові кислоти включають без обмеження рекомбінантну ДНК, що існує як окрема молекула (включаючи, але не обмежуючись ними, фрагменти геномної ДНК, продуковані ПЛР чи обробкою рестрикційною ендонуклеазою) без присутніх фланкуючих послідовностей, а також рекомбінантну ДНК, яка вбудована у вектор, плазміду, що автономно реплікується, чи в геномну ДНК рослини як частина гібридної молекули нуклеїнової кислоти чи молекули нуклеїнової кислоти, отриманої злиттям. Використовуваний тут термін «зчеплення» стосується феномену, коли алелі на одній і тій самій хромосомі мають тенденцію передаватись разом частіше, ніж очікувалось при випадковій передачі, якщо їх передача була незалежною. Таким чином, кажуть, що два алелі на одній і тій самій хромосомі є «зчепленими», коли вони відділяються один від одного в наступному поколінні в певних варіантах здійснення цього винаходу менше ніж в 50% випадків, в певних варіантах здійснення цього винаходу менше ніж в 25% випадків, в певних варіантах здійснення цього винаходу менше ніж в 20% випадків, в певних варіантах здійснення цього винаходу менше ніж в 15% випадків, в певних варіантах здійснення цього винаходу менше ніж в 10% випадків, в певних варіантах здійснення цього винаходу менше ніж в 9% випадків, в певних варіантах здійснення цього винаходу менше ніж в 8% випадків, в певних варіантах здійснення цього винаходу менше ніж в 7% випадків, в певних варіантах здійснення цього винаходу менше ніж в 6% випадків, в певних варіантах здійснення цього винаходу менше ніж в 5% випадків, в певних варіантах здійснення цього винаходу менше ніж в 4% випадків, в певних варіантах здійснення цього винаходу менше ніж в 3% випадків, в певних варіантах здійснення цього винаходу менше ніж в 2% випадків і в певних варіантах здійснення цього винаходу менше ніж в 1% випадків. Отже, «зчеплення» означає і може також стосуватись фізичної близькості на хромосомі. Два локуси є зчепленими, коли вони знаходяться в межах в певних варіантах здійснення цього винаходу 20 сантиморганід (сМ) в певних варіантах здійснення цього винаходу 15 сМ, в певних варіантах здійснення цього винаходу 12 сМ, в певних варіантах здійснення цього винаходу 10 сМ, в певних варіантах здійснення цього винаходу 9 сМ, в певних варіантах здійснення цього винаходу 8 сМ, в певних варіантах здійснення цього винаходу 7 сМ, в певних варіантах здійснення цього винаходу 6 сМ, в певних варіантах здійснення цього винаходу 5 сМ, в певних варіантах здійснення цього винаходу 4 сМ, в певних варіантах здійснення цього винаходу 3 сМ, в певних варіантах здійснення цього винаходу 2 сМ і в певних варіантах здійснення цього винаходу 1 сМ один від одного. Аналогічно, локус врожайності описаного в даному документі об’єкта винаходу є зчепленим маркером (наприклад, генетичним маркером), коли він знаходиться в певних варіантах здійснення цього винаходу в межах 20, 15, 12, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 чи 1 сМ від маркера. Таким чином, термін «зчеплення» стосується ступеня, з яким локус одного маркера є асоційованим з локусом другого маркера чи іншим локусом (наприклад, локусом посухостійкості). Взаємовідношення зчеплення між молекулярним маркером і фенотипом може бути заданим як «ймовірність» чи «задана ймовірність». Зчеплення може виражатись як бажана межа чи діапазон. Наприклад, в певних варіантах здійснення цього винаходу будь-який маркер є зчепленим (генетично і фізично) з будь-яким іншим маркером, коли ці маркери відділені менше ніж приблизно 50, 40, 30, 25, 20 чи 15 одиницями карти (або сМ). В певних варіантах здійснення описаного в даному документі об’єкта винаходу доцільно визначити межі діапазону зчеплення, наприклад від приблизно 10 сМ до приблизно 20 сМ, від приблизно 10 сМ до приблизно 30 сМ чи від приблизно 10 сМ до приблизно 40 сМ. Чим ближче маркер зчеплений з другим локусом, тим кращий показник для другого локусу, який стає маркером. Таким чином, «щільно зчеплені локуси», такі як маркерний локус і другий локус, відображають частоту рекомбінації між локусами, яка становить біля 10%, 9%, 8%, 7%, 6%, 5%, 4%, 3%, 2% чи менше. В певних варіантах здійснення цього винаходу відповідні локуси відображають частоту рекомбінації, що становить біля 1% чи менше, наприклад біля 0,75%, 0,5%, 0,25% чи менше. Можна також сказати, що два локуси, локалізовані на одній хромосомі і 24 UA 111937 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 на такій відстані, що рекомбінація між цими двома локусами відбувається з частотою до приблизно 10% (наприклад, біля 9%, 8%, 7%, 6%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1%, 0,75%, 0,5%, 0,25% чи менше), є проксимальними один до одного. Оскільки одна сМ – це відстань між двома маркерами, яка показує частоту рекомбінації, що становить 1%, будь-який маркер є щільно зчепленим (генетично і фізично) з будь-яким іншим маркером, який знаходиться в безпосередній близькості, наприклад на відстані біля 10 сМ чи менше. Два щільно зчеплені маркери на одній і тій самій хромосомі можуть розміщуватись на відстані біля 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1, 0,75, 0,5, 0,25 сМ чи менше один від одного. Використовуваний тут термін «нерівновага по зчепленню» стосується невипадкової сегрегації генетичних локусів чи ознак (чи обох). В будь-якому випадку нерівновага по зчепленню означає, що відповідні локуси знаходяться в достатній фізичній близькості вздовж довжини хромосоми, так що вони відділяються разом з більшою ніж випадкова (тобто, невипадковою) частотою (у випадку ознак, що спільно відділяються, локуси, які обумовлюють ці ознаки, знаходяться в достатній близькості один від одного). Маркери, які демонструють нерівновагу по зчепленню, вважаються зчепленими. Зчеплені локуси відділяються спільно більше ніж в 50% випадків, наприклад від близько 51% до близько 100% випадків. Іншими словами, два маркери, які відділяються спільно, мають частоту рекомбінації, рівну менше ніж 50% (і за визначенням є розділеними менше ніж 50 сМ на одній і тій самій хромосомі). Як цей термін використовується тут, зчеплення може мати місце між двома маркерами чи між маркером і фенотипом. Маркерний локус може бути «асоційованим з» (зчепленим з) ознакою, наприклад посухостійкістю. Ступінь зчеплення молекулярного маркера з фенотипною ознакою оцінюється, наприклад, як статистична ймовірність спільної сегрегації даного молекулярного маркера з фенотипом. 2 Нерівновагу по зчепленню частіше всього оцінюють мірою r , який обчислюється за 2 формулою, наведеною Hill і Robertson, Theor. Appl. Genet. 38:226 (1968). Коли r дорівнює 1, між двома маркерними локусами існує повна нерівновага по зчепленню, а це означає, що маркери 2 не були розділені рекомбінацією і мають ту саму частоту алелів. Значення r понад 1/3 показують достатньо сильну нерівновагу по зчепленню, що свідчить про можливість застосування для картування. Ardlie et al., Nature Reviews Genetics 3:299 (2002). Таким чином, 2 алелі знаходяться в нерівновагі по зчепленню, коли значення r між попарними маркерними локусами становить більше ніж або дорівнюють біля 0,33; 0,4; 0,5; 0,6; 0,7; 0,8; 0,9 чи 1,0. Використовуваний тут термін «рівновага по зчепленню» стосується ситуації, коли два маркери розділяються незалежно, тобто розподіляються серед потомства випадково. Маркери, які показують рівновагу по зчепленню, вважаються незчепленими (незалежно від того лежать вони чи не лежать на одній і тій самій хромосомі). Таким чином, вираз «нерівновага по зчепленню» визначається як зміна очікуваної відносної частоти типів гамет в популяції багатьох індивідів в одному поколінні, так що два чи більше локусів діють як генетично зчеплені локуси. Коли частота в популяції алеля S дорівнює х, алеля s дорівнює х', алеля В дорівнює у і алеля b дорівнює у', то очікувана частота генотипу SB дорівнює ху, така генотипу Sb дорівнює ху', така генотипу sB дорівнює х'у і така генотипу sb дорівнює х'у,' і будь-яке відхилення від даних частот є прикладом нерівновагу. Використовуваний тут вираз «група зчеплення» стосується всіх генів чи генетичних ознак, які знаходяться на одній і тій самій хромосомі. Ті локуси всередині групи зчеплення, які знаходяться достатньо близько один до одного, можуть проявляти зчеплення в генетичних схрещуваннях. Оскільки ймовірність кроссовера зростає при збільшенні фізичної відстані між локусами на хромосомі, локуси, положення яких всередині групи зчеплення далеко віддалені одне від одного, можуть не показувати помітного зчеплення в прямих генетичних тестах. Термін «група зчеплення» в основному застосовується для позначення генетичних локусів, які демонструють зчеплену поведінку в генетичних системах, для яких до цього часу не проведена хромосомна локалізація генів. Таким чином, в даному контексті термін «група зчеплення» є синонімом хромосоми як фізичного суб’єкта, хоча спеціалісту в даній галузі має бути зрозумілим, що групу зчеплення можна визначити також як відповідна ділянка (наприклад, менша ніж повна хромосома) даної хромосоми. «Локус» являє собою позицію на хромосомі, де знаходиться ген чи маркер чи алель. В певних варіантах здійснення цього винаходу локус може включати один чи більше нуклеотидів. Використовуваний тут термін «маїс» означає рослину Zea mays L. підвиду mays, також відому як кукурудза. Використовуваний тут термін «рослина кукурудзи» включає цілі рослини кукурудзи, клітини рослини кукурудзи, протопласт рослини кукурудзи чи тканинну культуру кукурудзи, з яких можна регенерувати рослини кукурудзи, калюси рослини кукурудзи і клітини рослини кукурудзи, які є 25 UA 111937 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 інтактними в рослинах кукурудзи або частині рослин кукурудзи, такі як насіння кукурудзи, кукурудзяні качани, квіти кукурудзи, сім’ядолі кукурудзи, листя кукурудзи, стебла кукурудзи, бруньки кукурудзи, корінці кукурудзи, кінчики корінців кукурудзи і т.п. Використовувані тут терміни «маркер», «генетичний маркер» і «молекулярний маркер» застосовуються взаємозамінно для позначення позиції на хромосомі, що ідентифікується, спадкування якої можна перевірити, та/або реагенту, який використовується в способах візуалізації відмінностей в послідовностях нуклеїнових кислот, присутніх в таких позиціях на хромосомах, що ідентифікуються. Таким чином, в певних варіантах здійснення цього винаходу маркер містить відому послідовність нуклеїнових кислот чи послідовність, що виявляється. Приклади маркерів включають, не обмежуючись ними, генетичні маркери, білкову композицію, рівні пептидів, рівні білків, олійну композицію, рівні олії, вуглеводневу композицію, рівні вуглеводнів, склад жирних кислот, рівні жирних кислот, амінокислотну композицію, рівні амінокислот, біополімери, крохмальна композиція, рівні крохмалю, крохмаль, що ферментується, вихід ферментації, ефективність бродіння (наприклад, при визначенні як засвоюваність через 24, 48 та/або 72 години), вихід енергії, вторинні речовини, метаболіти, морфологічні характеристики і агрономічні характеристики. Як такий, маркер може містити нуклеотидну послідовність, яка була асоційована з алелем чи алелями, що становлять інтерес, і свідчить про присутність чи відсутність алеля чи алелів, що становлять інтерес, в клітині чи організмі, та/або дана нуклеотидна послідовність є індикатором для реагенту, який застосовується для візуалізації відмінностей в нуклеотидній послідовності в такій позиції чи позиціях, що ідентифікуються. Маркер може являти собою, не обмежуючись ними, алель, ген, гаплотип, поліморфізм довжини рестрикційних фрагментів (RFLP), прості повторювані послідовності (SSR), довільно ампліфіковану поліморфну ДНК (RAPD), розщеплені ампліфіковані поліморфні послідовності (CAPS) (Rafalski and Tingey, Trends in Genetics 9:275 (1993)), поліморфізм довжини ампліфікованого фрагмента (AFLP) (Vos et al., Nucleic Acids Res. 23:4407 (1995)), однонуклеотидний поліморфізм (SNP) (Brookes, Gene 234:177 (1993)), ампліфікована ділянка з відомою послідовніcтю (SCAR) (Paran and Michelmore, Theor. Appl. Genet. 85:985 (1993)), сайт с поміченою послідовніcтю (STS) (Onozaki et al., Euphytica 138:255 (2004)), поліморфізм конформації однониткової ДНК (SSCP) (Orita et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:2766 (1989)), послідовності між простими повторюваними послідовностями (ISSR) (Blair et al., Theor. Appl. Genet. 98:780 (1999)), поліморфні ділянки, ампліфіковані між ретротранспозонами (IRAP), мікросателітні поліморфні ділянки, ампліфіковані між ретротранспозонами (REMAP) (Kalendar et al., Theor. Appl. Genet. 98:704 (1999)), або продукт розщеплення РНК (такий як Lynx tag). Маркер може бути присутнім в геномній чи експресованій нуклеїнових кислотах (наприклад, EST). Термін маркер може також стосуватись нуклеїнових кислот, які застосовуються в якості зонду чи праймерів (наприклад, пари праймерів) для використання в ампліфікації, гібридизації та/або виявленні молекул нуклеїнової кислоти у відповідності до способів, добре відомих в цій галузі. Велика кількість молекулярних маркерів кукурудзи є відомою в даній галузі і опублікованою чи доступною з різних джерел, таких як Інтернет-ресурс Maize GDB і Інтернет-ресурс Arizona Genomics Institute, при Університеті штату Аризона. В певних варіантах здійснення цього винаходу маркер відповідає продукту ампліфікації, отриманому при ампліфікації нуклеїнової кислоти Zea mays одним чи більше олігонуклеотидами, наприклад в полімеразній ланцюговій реакції (ПЛР). Застосований тут вираз «відповідає продукту ампліфікації» в контексті маркера стосується маркера, що має нуклеотидну послідовність, яка є таким самим продуктом ампліфікації (враховуючи мутації, введені реакцією ампліфікації, та/або природні та/або штучні алельні відмінності), як і продукт ампліфікації, отримуваний ампліфікацією геномної ДНК Zea mays з певним набором олігонуклеотидів. В певних варіантах здійснення цього винаходу ампліфікацію проводять способом ПЛР, і олігонуклеотиди являють собою ПЛР-праймери, які призначені для гібридизації протилежних ниток геномної ДНК Zea mays для того, щоб ампліфікувати послідовність геномної ДНК Zea mays, присутню між послідовностями, до яких гібридизуються ПЛР-праймери геномної ДНК Zea mays. Ампліфікований фрагмент, отриманий в результаті одного чи більше циклів ампліфікації з використанням такого розміщення праймерів, є двонитчастою нуклеїновою кислотою, одна нитка якої має нуклеотидну послідовність, яка в напрямку від 5' до 3' містить послідовність одного з праймерів, послідовність геномної ДНК Zea mays, розміщену між праймерами, і послідовність, зворотно комплементарну другому праймеру. Типово, «прямим» праймером вважається праймер, який має таку ж послідовність, що й послідовність (довільно призначеної) «верхньої» нитки двонитчастої нуклеїнової кислоти, яка повинна бути ампліфікованою, так що «верхня» нитка ампліфікованого фрагмента включає нуклеотидну 26 UA 111937 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 послідовність, яка в напрямку від 5' до 3' еквівалентна послідовності прямого праймера – послідовності, зворотно комплементарній зворотному праймеру. Таким чином, маркер, який «відповідає» ампліфікованому фрагменту, є маркером, який має таку саму послідовність, що й одна з ниток ампліфікованого фрагмента. Маркери, які відповідають генетичним поліморфізмам між членами популяції, можна виявити способами, добре встановленими в даній галузі. До них відносяться, наприклад, секвенування нуклеїнової кислоти, способи гібридизації, способи ампліфікації (наприклад, способи специфічної ампліфікації послідовності на основі ПЛР), виявлення поліморфізму довжини рестрикційних фрагментів (RFLP), виявлення маркерів ізоферментів, виявлення полінуклеотидних поліморфізмів алель-специфічною гібридизацією (ASH), виявлення ампліфікованих варіабельних послідовностей генома рослин, виявлення самостійної реплікації послідовності, виявлення простих повторюваних послідовностей (SSR), виявлення однонуклеотидного поліморфізму (SNP) та/або виявлення поліморфізму довжини ампліфікованого фрагмента (AFLP). Добре встановлені способи відомі також для визначення міток експресованих послідовностей (EST) і маркерів SSR, що походять з послідовностей EST, і довільно ампліфікованої поліморфної ДНК (RAPD). «Алель маркера», описуваний також як «алель маркерного локусу», може відноситись до однієї з багатьох поліморфних нуклеотидних послідовностей, знайденої в локусі маркера в популяції, що є поліморфною для маркерного локусу. Вираз «маркерний аналіз», як він тут використовується, стосується способу визначення поліморфізму у виявленому локусі із застосуванням виявленого способу, такого як, але не обмежуючись ними, вимірювання щонайменше одного фенотипу (такого, як колір насіння, вміст олії чи інша ознака, що виявляється візуально), аналізи на основі нуклеїнової кислоти, включаючи, але не обмежуючись ними, поліморфізм довжини рестрикційних фрагментів (RFLP), однонуклеотидне видовження, електрофорез, вирівнювання послідовності, алель-специфічна олігонуклеотидна гібридизація (ASO), аналіз довільно ампліфікованої поліморфної ДНК (RAPD), технології на основі мікрочипів, анализи TaqMan®, аналіз Illumina® GoldenGate® Assay, технології секвенування нуклеїнової кислоти, пептидні та/або поліпептидні аналізи чи будь-який інший спосіб, який може бути використаний для визначення поліморфізму в організмі в локусі, що становить інтерес. «Маркерна селекція» (MAS) – це процес, при якому фенотипи відбираються на основі генотипів маркерів. «Контр-селекція за допомогою маркерів» – це процес, при якому генотипи маркерів використовуються для ідентифікації рослин, які не будуть відібрані, що дозволяє видаляти їх з програми вирощування чи посадки. Використовувані тут терміни «маркерний локус» і «маркерні локуси» стосуються виявленого розміщення чи розміщень хромосоми в геномі організму, де може бути знайдений конкретний маркер чи маркери. Маркерний локус може бути використаний для відстеження присутності другого зчепленого локусу, наприклад зчепленого локусу, що кодує чи сприяє експресії фенотипової ознаки. Наприклад, маркерний локус може бути використаний для моніторингу сегрегації алелів у локусі, таких як QTL чи один ген, які генетично і фізично зчеплені з маркерним локусом. Використовувані тут терміни «маркерний зонд» і «зонд» стосуються нуклеотидної послідовності чи молекули нуклеїнової кислоти, яка може бути застосована для встановлення присутності одного чи більше певних алелів в маркерному локусі (наприклад, зонд нуклеїнової кислоти, що є комплементарним всьому маркеру чи його ділянці або маркерному локусу через гібридизацію нуклеїнової колоти). Маркерні зонди, які містять біля 8, 10, 15, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100 чи більше послідовних нуклеотидів, можуть бути використані для гібридизації нуклеїнової кислоти. Крім того, в певних об’єктах цього винаходу маркерний зонд стосується зонду любого типу, який здатний відрізнити (тобто генотипувати) певний алель, присутній в маркерному локусі. Використовуваний тут термін «молекулярний маркер» може використовуватись по відношенню до генетичного маркеру, як його визначено раніше, чи кодованого ним продукту (наприклад, білка), який застосовується в якості «точки відліку» при ідентифікації зчепленого локусу. Молекулярний маркер може бути похідним геномних нуклеотидних послідовностей чи експресованих нуклеотидних послідовностей (наприклад, з сплайсированої РНК, кДНК і т.д.). Даний термін стосується також нуклеотидних послідовностей, комплементарним маркерним послідовностям чи фланкуючим маркерним послідовностям, таким як нуклеотидні послідовності, використовувані в якості зондів чи праймерів, здатних ампліфікувати маркерні послідовності. Нуклеотидні послідовності є «комплементарними», коли вони специфічно 27 UA 111937 C2 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 гібридизуються в розчині, наприклад за правилами парування основ Уотсона і Кріка. Певні з тих маркерів, що описані тут, називають також маркерами гібридизації, якщо вони знаходяться на ділянці INDEL. Це відбувається тому, що ділянка інсерції являє собою, за визначенням, поліморфізм по відношенню до рослини без інсерції. Таким чином, маркер потрібен тільки для встановлення того, присутня ділянка INDEL чи відсутня. Будь-яка придатна технологія визначення маркерів може бути застосована для ідентифікації такого маркера гібридизації, наприклад SNP-технологія використовується в прикладах, наведених в даному документі. Описаний тут об’єкт винаходу в певних варіантах здійснення стосується маркерів для встановлення присутності генетичних поліморфізмів в кукурудзяних локусах, описаних тут. Локуси, які можуть бути проаналізовані за допомогою композицій і способів описаного в даному документі об’єкта винаходу, включають, не обмежуючись ними, локуси, згадані в даному документі, такі як "ZmAdh1-1s", "ZmBglcn", "ZmCat1", "ZmDhn1", "ZmDhn2", “ZmDr1", "ZmDr2", "ZmDr3", "ZmDr3","ZmDr4", "ZmDr5", "ZmDr6", "ZmDr7", "ZmDr8", "ZmDr9", "ZmDr10", "ZmDr12" "ZmDr16", "ZmDr17", "ZmH2B1", "ZmHsp70", "Zmlga4", "ZmLOC100276591", "ZmMa3", "ZmPK4", "ZmRIC1", "ZmZCN6", "Zpu1", "ZmDrA", "ZmDrB", “ZmDrC", "ZmDrD", "ZmDrE", "ZmDrF", "ZmDrG", "ZmDrH", "ZmDrI", "ZmDrj", "ZmDrk", "ZmDrL" и „ZmDr ", назви яких, таким чином, відносяться до геномних ділянок та/або генетичних локусів, зчеплених з ознаками, асоційованими з оптимізацією водоспоживання, присутніми на хромосомах Zea mays, як докладніше буде описано далі. Приклади геномних нуклеотидних послідовностей, які походять з даних локусів, наводились раніше. Термін "ZmAdh1-1" стосується локусу на хромосомі 1 Zea mays, який кодує ген алкогольдегідрогенази 1 (Dennis et al., 1984). Приклади генних продуктів, отриманих з локусу ZmAdh1-1, можна знайти за номерами доступу GenBank® X04049 і P00333. Термін "ZmBglcn" стосується локусу на хромосомі 3 Zea mays, який кодує поліпептид 1,3-βглюканазу кукурудзи (Wu et al., 1994). Приклади генних продуктів, отриманих з локусу ZmBglcn, можна знайти за номерами доступу GenBank® M95407 і AAA74320. Термін "ZmCat1" стосується локусу на хромосомі 5 Zea mays, який кодує поліпептид каталазу-1 кукурудзи (Guan & Scandalios, 1993). Приклади генних продуктів, отриманих з локусу ZmCat1, можна знайти за номерами доступу GenBank® X60135 і CAA42720. Термін "ZmDhn1" стосується локусу на хромосомі 6 Zea mays, який кодує поліпептид дегідрин-1 (dhn1) кукурудзи (Close et al., 1989). Приклади генних продуктів, отриманих з локусу ZmDhn1, можна знайти за номерами доступу GenBank® X15290 і CAA33364. Термін "ZmDhn2" стосується локусу на хромосомі 4 Zea mays, який кодує поліпептид дегидрин-2 (dhn2) кукурудзи. Приклади генних продуктів, отриманих з локусу ZmDhn2, можна знайти за номерами доступу GenBank® L35913 і AA33480. Термін "ZmDr1" стосується локусу Zea mays, який в певних варіантах здійснення цього винаходу відповідає GenBank® Accession №: AY105200. Термін "ZmDr2" стосується локусу Zea mays, який в певних варіантах здійснення цього винаходу відповідає GenBank® Accession №: AF043347. Термін "ZmDr3" стосується локусу Zea mays, який в певних варіантах здійснення цього винаходу відповідає нуклеотидам 120,959-121,302 з GenBank® Accession №: AC206638.3 і в певних варіантах здійснення цього винаходу відповідає GenBank® Accession №: AF043347. Термін "ZmDr4" стосується локусу Zea mays, який в певних варіантах здійснення цього винаходу відповідає GenBank® Accession №: AY103545. Термін "ZmDr5" стосується локусу Zea mays, який в певних варіантах здійснення цього винаходу відповідає GenBank® Accession №: AY109606. Термін "ZmDr6" стосується локусу Zea mays, який кодує кальмодулін-зв’язуючий білок кукурудзи. Приклади генних продуктів, отриманих з локусу ZmDr6, можна знайти за номерами доступу GenBank® L01497, NM_001158968, AAA33447 и NP_001152440. Термін "ZmDr7" стосується локусу Zea mays, який кодує білок транспортер сахарози кукурудзи. Приклади генних продуктів, отриманих з локусу ZmDr7, можна знайти за номерами доступу GenBank® AB008464, NM_001111370, BAA83501, і NP_001104840. Термін "ZmDr8" стосується локусу Zea mays, який в певних варіантах здійснення цього винаходу відповідає GenBank® Accession №: EU976286. Термін "ZmDr9" стосується локусу Zea mays, який в певних варіантах здійснення цього винаходу відповідає нуклеотидам 75,481-76,499 з GenBank® Accession №: AC196196.4. Термін "ZmDr10" стосується локусу Zea mays, який в певних варіантах здійснення цього винаходу відповідає GenBank® Accession №: DQ245017. Термін "ZmDr12" стосується локусу Zea mays, який в певних варіантах здійснення цього винаходу відповідає GenBank® Accession №: AI770817. 28

Дивитися

Додаткова інформація

Назва патенту англійською

Genetic markers associated with drought tolerance in maize

Автори англійською

Kishore, Venkata, Krishna, Altendorf, Paul, Prest, Thomas, Joseph, Zinselmeier, Chris, Wang, Daolong, Briggs, William, Gandhi, Sonali, Foster, David, Chaulk-Grace, Christine, Clarke, Joseph, Dallas, Sessions, Allen, Kust, Kari, Denise, Reinders, Jon Aaron, Tucker, Gutierrez Rojas, Libardo, Andres, Li, Meijuan, Warner, Todd, Martin, Nicholas, Miller, Robert, Lynn, Arbuckle, John, Skalla, Dale, Wayne, Dunn, Molly, Dace, Gayle, Kramer, Vance Cary

Автори російською

Кишор Венката Кришна, Алтендорф Пол, Прест Томас Джозеф, Зинселмайер Крис, Ванг Даолонг, Бриггс Виллиам, Ганди Сонали, Фостер Дэвид, Чок-Грэйс Кристин, Кларк Джозеф Даллас, Сешнз Аллен, Куст Кари Денис, Рейндерс Джон Аарон Тукер, Гутьеррез Рохас Либардо Андрес, Ли Мэйджуан, Уарнер Тодд, Мартин Николас, Миллер Роберт Линн, Арбукле Джон, Скалла Дэйл Вэйн, Данн Молли, Дэйс Гэйл, Крамер Вэнс Кэри

МПК / Мітки

МПК: A01H 1/04, A01H 5/00, C12N 5/04, A01H 1/02

Мітки: щонайменше, спосіб, рослини, асоційований, виявлення, яка, містить, оптимізацією, алель, водоспоживання, mays

Код посилання

<a href="http://uapatents.com/229-111937-sposib-viyavlennya-roslini-zea-mays-yaka-mistit-shhonajjmenshe-odin-alel-asocijjovanijj-z-optimizaciehyu-vodospozhivannya.html" target="_blank" rel="follow" title="База патентів України">Спосіб виявлення рослини zea mays, яка містить щонайменше один алель, асоційований з оптимізацією водоспоживання</a>

Подібні патенти